不過，環保署目前面臨最迫切的，還是雲林縣垃圾代燒的底渣回運問題，這部分目前審制引發雲林縣政府與斗六市的垃圾大戰。
民代帶頭反底渣回運 李應元：政治鬥爭不是中央處理的事情
李應元表示，民眾對底渣，仍然存有誤解，事實上，各縣市政府針對境內焚化爐燃燒後產生的底渣，都有訂定「熟化管制再利用辦法」，公路交通單位目前依據工程會作業規範，也將處理後的底渣用在重大工程，例如台北港擋風牆，木麻黃防風林底下就埋了很多底渣，這比原生土掩埋，要省下好幾千萬元，另外，各縣市主要道路管線管溝回填，也是用底渣資源化產品，對於之前台東縣垃圾代燒底渣回運，引發當地民代反彈，環保署也派員與當地民眾親自溝通，強調資源化的底渣「不會有戴奧辛」。
李應元表示，對於垃圾跨區域代燒後底渣資源化運用，環保署與工程會已訂定施工規範，絕大多數縣市都已按照相關規範推動，焚化爐底渣各縣市政府都已建立資源化再利用機制，「對於部分鄉鎮市代表的誤解，我認為不應該，如果政治因素大家鬥爭，這不是中央該處理的事情。」
雲林縣底渣回韻律1：1.8 「那是短期緊急比率，未來會調降」
李應元表示，雲林縣從2015年起委託其他縣市代燒垃圾，初期因為是短期緊急措施，當時底渣回運的比率是1:1.8，「但那是短期緊急調度的比率」，將來，底渣回運比率會調降，每代燒一公噸垃圾僅需回運0.2噸底渣，未來全國性垃圾調度，底渣最高是20%，大約是5分之1。環保署明天將召集各縣市就底渣回運資源化運用進行跨縣市討論，雲林縣方面目前已提報環保署，未來將資源化製成「紐澤西護欄」
對於環保團體擔心底渣回收再利用，可能有戴奧辛滲出疑慮，環保署環保督察大隊總隊長吳盛忠表示，基於外界對底渣疑慮，環保署一定會精益求精，未來153億元預算將有部分經費，會用在處理底渣技術的升級。
