《國安法》第43條實施細則中對於不遵守以上偵查措施也訂出相應的罰則，例如信息發布人不遵從警方移除危害國家安全的信息要求，除非有合理辯解，否則一經定罪，可被判監禁一年、罰款10萬港幣；又例如，若外國及台灣政治性組織或外國及台灣代理人未按要求向港警提供資料，除非可證明已經盡力或有非可能控制的原因，否則可被判監禁六個月、罰款10萬港幣；而若涉及提供虛假、不正確或不完整的資料，則可被判監禁兩年、罰款10萬港幣。
香港律政司首批國安檢控科的檢控官已經就定位，未來將負責提起國安案件的公訴與上訴。然而7月底卻發生一則插曲，律政司刑事檢控專員（Director of Public Prosecutions）梁卓然在內部電郵表示其已辭任刑事檢控專員一職，將於年底卸任，其表示辭任理由是因為在刑事檢控運作方面與律政司司長的看法不一致，並表示自己未掌握關於國安法案件的資訊，也未被要求負責國安案件相關工作。身為負責公訴上訴的刑事檢控專員，竟然被律政司排除在國安相關案件之外，並不尋常。著名中國法專家孔傑榮教授便評論，此事件顯示律政司司長鄭若驊和港府不信任梁卓然會按照北京看法對國安案件提出檢控，也暗示著《國安法》通過之後的香港律政司容不下第二種聲音。
有人可能會說，香港向來以尊重法治、司法獨立著名，由香港法院審理的案件應可得到充分的人權保障，我們應該至少對香港法官有信心。事實上，對香港司法沒有信心的正是北京，所以《國安法》制定了許多「繞道」香港司法體制的特別程序。首先，《國安法》剝奪被告在重罪案件中受陪審團審判的權利，規定律政司長可基於「保護國家秘密」、「案件具有涉外因素」或者「保障陪審員及其家人的人身安全」等理由，決定在沒有陪審團的情況下進行審理，由三名職業法官組成審判庭審理國安案件（第46條）。
其次，《國安法》創造出「指定法官」的制度，規定國安案件只能由香港特首指定的法官審理，被指定的法官必須沒有「危害國家安全言行」，指定法官的任期一年，在此期間指定法官如有危害國家安全言行的，也會被終止其指定法官資格（第44條）。
據報導，香港特首林鄭月娥已經從現任法官中指定首批審理國安案件的法官。對此，香港律政司司長鄭若驊日前反駁外界質疑，表示「（指定）法官在處理相關案件時，仍然是獨立地履行司法職務，不受任何干預，因此這項安排絕無損害一直備受尊崇的司法獨立。」這是內行人說外行話，「指定法官」使得行政部門得以藉由挑選法官直接或間接地操縱司法運作，確保只有政府信任的法官可以審判國安案件，與司法獨立原則背道而馳。
