交通部昨（18）日表示，基隆輕軌起訖站設為捷運南港展覽館站，而非南港站，已與北市府相關單位協調，台北市長柯文哲今（19）日說「誰跟我溝通過了？」交通部則表示，目前鐵工局正進行基隆輕軌可行性研究，已與台北市政府相關單位溝通協調，後續鐵工局將會持續溝通，做整體性考量。
交通部表示，目前正會同基隆市政府辦理基隆輕軌建設計畫，主要是在台鐵樹林─七堵間為東、西鐵路路線重疊路段容量有限，需要通盤考量基隆─台北通勤旅客需求，初步預估未來花東假日可增開上下行各二列次，紓解花東列車一票難求現象。
對於柯文哲質疑基隆輕軌應行駛至南港站而非南港展覽館站，且未與台北市政府溝通。交通部表示，目前鐵工局正進行基隆輕軌可行性研究，已與台北市政府相關單位溝通協調，後續鐵工局將會持續溝通，做整體性考量。
對於柯文哲建議由中央成立捷運總局，交通部表示，考量捷運屬地方運輸系統，若由中央主導各地捷運建設規劃，交通部將既負責規劃又負責審查，程序上並不適宜，且捷運規劃後續所涉及的都市計畫變更、用地取得、工程施工、交通維持及整合、融入在地需求，乃至營運票價及行銷等事宜皆屬地方政府權責，非中央所能予以統籌辦理之事項，建議仍由地方政府成立專責機關辦理相關工程。
交通部呼籲，若柯文哲認為基隆輕軌及北捷人力規劃，需要與中央再進一步溝通，歡迎與柯文哲深入討論。
