設置將屆九十周年的中研院，做為中華民國學術研院最高機關，享有國家龐大資源，最近卻發生兩件事，都攸關中研院的機關形象。其一是中研院行文行政院，要求中研院的科技預算不要由科技部審查，而改由自家自審，卻遭到行政院打臉。
其二是，七十位中研院士連署，發表聯合聲明，反擊監察院彈劾前院長翁啟惠是未審先判。第一時間也被監察委員打臉。
解嚴後搞政治，恃權威取發言權
連署這件事，反映出中研院士們「護主」心切，及對中研院形象的維護，但卻因對監察權的行使缺乏認識，而遭到監察委員的回酸，顯得有些難堪。監委包宗和回應說，「彈劾並不根據司法判決結果，而是依監察院的職權，追究公務員的行政責任，而非刑事責任。」
翁啟惠因涉及浩鼎案偵結，檢方以貪汙罪將他起訴，成為中研院成立近九十年來，第一位被起訴的中研院長，此事也重創中研院的形象。監察院相關官員說，中研院院士們想捍衛翁啟惠的清白，不以事實證據，反以「政治」方式攻擊監察院，授人口實。
對中研院歷史有了解的人士認為，中研院明年將成立滿九十年。這漫長的九十年，從不缺政治，只是早期的政治，較屬於以天下興亡為己任的知識份子，解嚴後的中研院搞政治，較傾向依附在權威之下的政治，依恃權威取得較大發言權，也鞏固中研院的地位。
回顧中研院設立歷史，首任院長蔡元培既是革命家又是教育家，自然與政治扯上關係。其次，從胡適擔任院長時，他崇尚的自由主義與雷震、殷海光等人交往，及與前總統蔣介石的互動，自然也與台灣政治有密切相關。
李遠哲頂著諾貝爾獎得主的光環，被前總統李登輝邀請回國，職司學術大殿，於一九九四年一月十五日上任，二○○六年十月十九日卸任，長達十二年的院長任期，除主導教改失敗，國人印象最深刻的，莫過於選舉之時的「挺扁」、政治光環的「去藍近綠」。
李遠哲任內無人敢擋預算
此外，院長以下職位，不少中研院教授、研究員很早就參與政治，如黨外時期，胡佛、楊國樞等，參與民主啟蒙運動。之後，也有不少研究員跳出來參政。直接介入政治的，如戰神黃國昌，後來因參與太陽花學運，侵入立法院，差點被監察院彈劾。
中研院依其組織法，雖定位為全國學術研究最高機關，在其三大任務中，如人文及科學研究、指導、聯絡及獎勵學術研究、培養高級學術研究人才，沒有一項被賦與學術獨立、超然，但「中研院反而因隸屬總統府，有總統撐腰，儼然成就一股『學閥』勢力。」台大某教授如是批評。過去中研院研究員可兼職大學教授時，就被詬病介入系務。
政院資深官員透露，中研院會形成今天的中研院，很大一部分與政治有關。一九九四年李遠哲入主中研院，任內十二年間，是中研究院組織、人力、預算擴張最迅速、也最龐大的期間。官員說，李遠哲時期，中研院預算年年擴張，但每年送到行政院，行政院基於對總統的尊重，幾乎是「一毛未刪」、「一字不改」的通過。中研院仰仗的就是與總統的政治關係。
國民黨立委陳宜民曾形容李遠哲爭取中研院預算的本事，「他上任後，中研院預算逐步提高，由一九九四年的三十億元，擴增到二○一七年的一四一億元。」甚至被認為已超過高等教育預算。但身為國家最高學術研究機關，總統府卻無一套專責審查中研院預算的機制，例如花費超過七十億元預算的「台灣人體生物資料庫」，卻爆發內部單位互鬥的治理缺失，要如何專業審查，有無必要建立機制，總統府有檢討必要。
國會議員所詬病之事，幾乎年年上演。但李遠哲任內幾無人敢擋中研院預算組織與人力。中研院史記載，李任內大幅提高中研院預算，十二年共成立原分、文哲、台史、社會、語言等五個研究所、四個研究所籌備處 (社會、語言、政治、法律)及生物多樣性等六個跨學門研究中心。
人力於十二年內擴增七倍
中研院的正式組織編制，上從特任院長，下至委任一職等書記，編制不過二百人。但「目前包括政院人事費、業務費聘用的研究員、行政、技術人員、技工、工友、駕駛、駐衛警、職員等，已達一三九七人。」中研院人事室主任王永大說。
中研院的人力，十二年擴增七倍。「一院獨大」的地位，在翁啟惠下台後跟著下滑。至少，行政院目前已不理會中研院那一套。中研院最近行文行政院，希望中研院的科技預算能「自己審」，結果被行政院打臉，要求依《科學技術基本法》第六條規定，交由科技部審查做最後的把關。這事，民進黨雖有自家考量，但就事論事，國人應不吝給行政院掌聲。
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