作為多階段同時進行的研製過程的一部分，還未等到任何研製中的疫苗獲得藥管部門批准，世界各地已建立了很多生產線。這樣做會帶來巨大的財務風險，因為某些疫苗可能無法獲得批准。但是也只有通過巨額的金融投資，這些生產線才能提前建成，比如美國政府為加快疫苗研究和生產而設立的《曲速計劃》（Warp Speed Operation）就投資了100億美元，
批量生產疫苗，並不是簡單地擴大重覆實驗室的微量生產。如同烘焙蛋糕，按照食譜烤小蛋糕很成功，但將食譜中的配料增加三倍，烤出來的大蛋糕可能邊緣已被烤焦而蛋糕中心還是潮濕的。在疫苗批量生產中也發現了類似的問題。英國製藥工業協會新藥品和數據政策主任布萊恩・迪恩（Bryan Deane）解釋說，「在試管或培養皿中小規模運作良好的過程，在大規模生產時往往無法預測其結果。」
因此，擴大生產需要一個逐步漸進的過程。疫苗的批量生產將會越來越多，但對每一批量生產都要進行檢查，以保證疫苗效力不變。迪恩說，「為了獲得最佳產量，我們會經歷相當多的試驗和錯誤。解決這些擴大規模生產的挑戰需要時間，直到你每批投入都能獲得良好回報。」
使問題更加複雜的是，並非所有疫苗技術都曾如此大規模地運用過，特別是那些在針對新冠病毒的臨床試驗中顯示出最有希望結果的技術。劉解釋說，「每個人都會遇到大規模工作帶來的挑戰。以前沒有任何疫苗以這樣快的速度和這樣大的規模被推出使用，即或最先進的候選疫苗也不會如此獲得批准正式成為疫苗。」
抗伊波拉病毒的疫苗在2014年到16年伊波拉病毒爆發時開始使用，但有關這種病毒的研究早在2003年已開始。
此外，許多正在研製的疫苗需要注射兩劑才會有效，這即是說全球所需的疫苗劑量還必須增加一倍，達到近160億劑。疫苗需要多次注射才能有效，而只注射一次可能導致問題。
劉說，「如果有的人抗體水平低，但他們卻自以為有了抵抗力，那麼最大的風險之一就是他們會停止保持社交距離，並不再戴口罩。如此他們就比較容易受到傳染，這也使他們有能力將病毒傳播給其他人。」
有些疫苗注射到人體還需要特殊設備。現正在研發的多類新冠病毒疫苗有一些是DNA疫苗，每次注射都需要一個電穿孔裝置。電穿孔技術已用於治療癌症，將抗癌藥物導入腫瘤。這個技術用電動牙刷大小的裝置產生微小的電流，在細胞膜上開小孔注入藥物或疫苗。雖然電穿孔設備可以多次使用，但要確保有足夠的設備數量，在生產製造上仍然是一個額外的挑戰。此外，醫務人員還需要為使用電穿孔設備接受培訓。
