針對相關業務的改變，該人士說明，未來改制後，內政部營建署的下水道業務、交通部中央氣象局、環保署的全數業務，另包括經濟部水利署、台水公司、中央地調所及農委會水保局的治山防洪業務，將會全數移入環資部，同時為了強化管理，原本歸在經濟部的業務，也將升級成行政院水資源協調會報。
流域管理觸動敏感神經 政院多次說明仍未讓綠委滿意
另一知情人士表示，關於國土永續與流域管理分工的部分，可以看到現行的流域治理現行分工，是分成上游是由農委會林務局、退輔會森保處、內政部營建署國家公園管理，中游是農委會水保局、下游是經濟部水利署、內政部營建署下水道工程處管轄。依照目前規劃，未來將拆分為兩塊，流域治理的分工上游將會留農業部、內政部進行管理，而中下游將會整合至環資部，並且搭配行政院水資源協調會報。
但據悉，行政院現行的規劃，確實引發不少民進黨內立委的疑慮，從最早環資部管理業務龐雜，甚至還被稱為新的「天下第一部」，原本有些立委就有提出對於未來因應氣候變遷、國土永續等業務，是否能夠妥善規劃的疑慮，不料，近期流域治理分工的業務，也成為與行政部門協商時的癥結點。
流域治理升格院級水資源協調會報 綠委憂：沒有辦法解決問題
有一不具名綠委指出，像是過去是切成三塊進行管理，而經濟部水利署的河川局還從第一排到第十，還有水資源局的部分，原本業務就相當繁雜，甚至未完全按照地域進行區分，更讓管理上相當繁亂，既然要進行組織改造，當然會希望可以「一條鞭」式的管理，而不是還要進行切開，這樣恐怕還是讓人「霧煞煞」。
也因此，在上週五的內部會議中，不只有許多綠委發表意見，甚至在看到行政院做法是採取水資源協調會報的方式，更有重量級綠委直接說，行政院提出這種會議的做法，沒辦法真正解決問題，因為該會議是要看行政院長願不願意開。另也有綠委表達意見，認為若是要以協調會報的方式處理，不如直接就在行政院底下設立相當於三級機關的「水資源處」，還比較有強制力。
有一資深綠委指出，黨內對於環資部還有不少意見，雖然已經討論多次，但是行政部門的相關研商，仍未讓大家滿意、化解大家的疑慮，恐怕還需要再做進一步研議、討論。
