日前中央流行疫情指揮中心推出的「秋冬防疫專案」規定，除少數特例對象之外、所有入境我國者都需要檢附3日內的新冠病毒陰性檢驗證明，衛福部長陳時中25日受訪時被媒體連番質疑，國人能返台與否、是不是因經濟能力而異？陳時中略顯不耐煩地回答「我沒辦法跟你談這個」隨即快步離開。對此，陳時中26日受訪時則澄清，當時並沒有動怒，但政府希望能做好各個細節、並參酌各方意見。
中央流行疫情指揮中心宣布，從12月1日起將啟動「秋冬防疫專案」，防堵來自境外的新冠肺炎（武漢肺炎）感染源。陳時中表示，政府希望把各種細節都做到好、但要做到完美是很困難的，會聽取任何意見、若能解決，就會盡量想辦法解決。
目前台灣已經「手握」至少1500萬劑新冠疫苗，卻有專家擔憂疫苗買太多，重演2009年H1N1疫苗浪費的狀況。陳時中則認為，要想到各種可能性，所以先把量準備齊全，寧可多買，也不要不夠。被問及彰化達德商工12名學生接種流感疫苗後出現發燒、手抖等不良反映，他則回應，根據專家研判應該是集體接種導致的「暈針」狀況。
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