台灣農地種工廠問題陳痾難治，縣市政府拆除過程中，每每碰到民代關說與居民抗爭後又縮了回去，為了達到嚇阻效果，行政院9月底前針對彰化頂番婆非法地下工廠，將首度進行「代位執行」違建拆除工作。農委會主委林聰賢表示，農委會首波將以去年520以後新增之地下工廠為拆除對象，法務部、內政部也將提供檢警調等必要協助，希望藉此建立農地違建處理典範。
行政院7月20日召開跨部會會議，針對農地非法地下工廠，首波將優先處理去年5月20日新政府上台後新增農地工廠，經衛星資料比對，全台共計286處疑似新增建物。農委會副主委陳吉仲表示，上述新增地下工廠，去年起使用迄今，機器設備可能才剛搬進去，還沒有到落地生根的地步，處理上相對容易，因此第一波將選擇指標性個案，由中央派員進行拆除。陳吉仲形容，「農地違建拆除，不同於一般的民眾陳情抗議，因為地上物的拆除涉及到人民財產權的強制執行，因此困難度如同拆炸彈引信一般。」
動員檢調警支援 並將調查民代是否收受非法獻金
有鑒於過去違建拆除，除了面臨民眾抗爭，還會有民代關說，為了避免這次拆除行動遭到惡意阻撓，行政院將會除了會動用外縣市警力支援外，法務部也將會拍出檢調人員現場蒐證，民代是否有收受地下工廠非法政治獻金，也將列入調查。
農委會估計，全台約有1萬3000公頃農地被違法工廠占用，農地工廠號稱6萬4000家，在月底完成第一波拆除後，農委會將針對污染農地事證明確之地下工廠，列為第二波拆除對象。
農委會表示，地下工廠之拆除，原本主管機關為內政部與經濟部，經濟部方面也有訂定《工廠管理輔導法》，未污染之地下工廠申請將地目變更為丁種用地，並且繳納相關回饋金的輔導期限，已經延長到2020年，但因為環保團體認為，農地農用政策應該由農委會負責貫徹，因此，農委會將會動用農發基金，「代位執行」地下工廠拆除工作。
農委會官員表示，非法地下工廠之拆除，初期雖然是由農發基金編列預算，但中央政府不可能為全國非法地下工廠買單，因此，2年期以上之地下工廠，仍將由縣市政府支付拆除成本。
