台南市長賴清德北上組閣，民進黨黨政機制及智庫人事也有調整，蔡英文總統6日在民進黨中常會中宣佈，將卸任的行政院副院長林錫耀，將轉任民進黨智庫、新境界文教基金會副董事長，她還宣佈，「不能浪費林錫耀副院長的才能」，未來選對會，將由林錫耀和陳明文共同主持，形同選舉布局，將由新系和英系共商。
由於民進黨在蔡英文就職前修改黨章，廢除執政時，行政院長為當然中常委，需列席常會的規定，且林全也非黨員，過去常會，都由林錫耀以副院長身分，代表政院列席，蔡今天也宣佈，將轉任政院秘書長的民進黨副秘書長卓榮泰，未來將代表政院列席常會。
今天常會前，新境界董事會也舉行董事會，修改章程，增列兩位副董事長，會中也通過，將任政院副院長的施俊吉，辭去董事，由林錫耀遞補，林也和現任智庫執行長邱義仁，同列副董事長，但邱仍兼執行長職位。
陳美伶轉任國發會主委 政府需要強而有力研考單位
蔡在場會內，除對黨內介紹卓，「非常期待行政院有一個和氣的秘書長」，也說明林全內閣的秘書長陳美伶轉任國發會擔任主委，是因為政府需要強而有力的研考單位，期待陳美伶可以做一個強而有力研考單位的首長。
證交所董座新人事 蔡英文盼智庫董事推薦
另據了解，由於新境界董事會內，有多位財經人士，蔡在董事會中，也盼董事能協助推薦施俊吉留下的證交所董事長人選，對施俊吉和將掌金管會的顧立雄，蔡也說明，人事上，施和顧有角色分工，兩人可合作，但她希望顧能有新思維，不要被舊的金管會官僚拉著走。
據轉述，民進黨立法院黨團總召柯建銘表示，會支持新內閣，感謝林全內閣配合相關運作，他也說明，賴清德11日將會拜訪立法院長蘇嘉全；將辭卸副閣揆的林錫耀則感謝黨中央和黨團支持，希望一棒接一棒，繼續落實改革工程。
