由民進黨新系力挺、海軍出身的海巡署署長李仲威，雖是國民黨失聯黨員，但具有戰略觀與雄心大略，企圖將海巡署打造成「第二海軍」，引領台灣成為真正的海洋國家。
接任海巡署長一年多來，大力整頓海巡署，署內哀鴻遍野，除了民進黨核心顧問、台大學者姜皇池教授在平面媒體投書，對其「強軍」政策不表贊同外，另有多位海巡退休高官匿名發表文章，指責李仲威的做法將搞垮海巡署，認為蔡英文總統不能讓他這樣胡搞下去。不過，李仲威倒是老神在在，不畏譏言酸語，繼續嚴厲治「署」。
成立以來唯一海軍出身的署長
李仲威上任以來，備受爭議的政策當然不是打算在十年內建造一四一艘海巡船，也不是被稱為「賓拉威」，四處檢查營區內務，而是海巡署自成立以來，一直希望減少軍人員額，回歸真正的海上警察任務。但李仲威趁著「海洋委員會」暫時凍結無法揭牌成立之際，引入海軍人員，逐步取代洋巡與岸巡老舊海巡人員；協調國防部，將海軍艦艇維修能量，分享讓海巡船艦維修，這也讓外傳李仲威想透過大量造艦以圖利造船廠的謠言，在政府資源共享的做法下不攻自破。
海巡署自二○○○年成立以來，歷經六位署長，其中姚高橋、王郡、王進旺都是警界出身，許惠祐及國民黨立委黃昭順先生王崇儀則是司法界出身，只有李仲威是海軍出身。
海巡署長久以來軍人、警察與文官的多元文化編成，讓歷屆署長頭痛萬分，好不容易行政院組織改造，原訂在二○一六年七月正式揭牌成立的「海洋委員會」，走的是警察與文官路線，打算逐漸淡化軍人角色。但民進黨立委也在人事安排與組織編成上感受到外界壓力，於是暫緩該委員會成立，這也讓海巡署走向文官化、警察化的夢想破碎，取而代之的是軍事化管理與軍事人員，甚至未來將採用軍事化武器。這樣的做法與國際潮流背道而行，未來海巡署要上不上、要下不下，「第二海軍」恐怕不是美名，而是拖累海巡專業能力的浮誇名詞。
違背國際潮流，台灣恐自食惡果
由於海軍為國防軍，負責守土防衛的責任，海巡雖有別於陸上警察，但也是維護海上秩序，打擊並取締走私偷渡的非法行為；因此，沒有司法警察身分，在執法上也常會引起諸多司法糾紛。
美國將海巡置於國土安全部底下；日本海上保安廳有別海上自衛隊，甚至自有海上保安大學培訓海保人員，也勸說越南將海巡從人民軍移出，以方便對其進行政府開發援助（ＯＤＡ）；中國大陸一三年編成中國海警局，也是在國家海洋局之下，而非人民解放軍。換言之，當國際潮流是區隔開海軍與海巡的分工與組織定位，講求的是海軍與海巡如何建構協調機制，蔡政府的李仲威卻開倒車，懷著「第二海軍」的夢想。
而當各國海巡以警察身分，參與共同打擊犯罪多邊國際會議與機制的同時，台灣海巡因為過多的軍人身分，過多的國防色彩，而讓其他國家退卻。試想，當兩岸海巡與海警可以在金門、馬祖附近海域共同打擊犯罪的共識，能由兩岸海軍與解放軍執行此種任務嗎？
一個連兩岸軍事互信機制都無法建構的情況下，更遑論任何海巡或海警合作的機制。簡言之，李仲威的做法立意良善，雖有戰略觀，但無國際觀，甚為可惜。
李仲威在內閣中官位相對穩定，此波未受內閣改組的影響，畢竟要找到一個稱職，能夠執行民進黨對於國防工業產業改革計畫、大造海巡船、採購無人機、配合武器改革精進的人士並不多。
蔡政府力挺，李仲威無懼往前衝
李仲威近日也馬不停蹄地視察海巡所屬單位，特別是今年五月在北京舉辦「一帶一路高峰會議」的前兩天登上太平島；八月前往金門視察海巡安檢作業，正值「金磚五國峰會」籌辦期間，李仲威也正面回應立委楊鎮浯要求，不希望金廈海域此時發生衝突，也間接維繫了廈門的安全；積極的作為讓蔡政府認為李仲威的確是個人才，可以大刀闊斧改革過去由警察主導的海巡署。
不過，當海巡署擴大了艦艇設備，晉用了「多講實力，少講法律」的軍事人才，面對明年四月將在高雄成立的海洋委員會海洋保育署，李仲威恐怕也要面對「軍人無用武之地」的尷尬。直到海委會正式揭牌，有經驗的海巡人才相繼流失，能用的人到處都是「海軍人士」，海巡署出現署內人心背離，劣幣逐良幣的惡果，恐怕是未來民進黨政府無法承受之重。
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