新冠肺炎（武漢肺炎）疫情再起，針對公布疫調足跡、防疫措施等，台北市長柯文哲與中央流行疫情中心指揮官陳時中因意見相左，近日屢屢透過媒體隔空交火。柯文哲28日受訪時建議航空機組員比照一般旅客居家檢疫14天，並設機師、空服員專區，跟一般社會隔開；陳時中則強調，如果真的這樣做，航空業會停擺。
陳時中表示，防疫管制很重要、飛安也是很重要，如果要求所有機組員值勤完都得居家檢疫14天，那航空業很有可能會整個停頓，而且在這情況下機組員可能全年都無法透一下氣，對心理也會有很大影響，更可能造成飛安疑慮，所以每件事都要考量平衡。陳時中指出，柯文哲以前曾呼籲政府要在感染跟經濟間取得平衡，現在防疫就是朝這個平衡的方向在努力。
針對27日傍晚從英國抵台的班機、機上有1名乘客入境時就有發燒症狀，柯文哲認為應該在登機前就根據SOP把他擋下來。陳時中則澄清，登機前2次量測體溫都正常，所以才讓他登機，如果是服用退燒藥暫時讓體溫降下，應該主動告知檢疫人員。
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