國立原住民族博物館公告重新辦理館選址評估後，最後落腳在高雄市澄清湖園區，花蓮縣長傅崐萁表示遺憾，民進黨籍立法委員蘇巧慧也質疑博物館坐落在非原鄉、也不是原住民聚集的地區。原民會表示，選址邀請相關領域專家學者組成選址小組，就其專業領域評估，高雄市為南部重要城市，連結台南市、屏東縣及台東縣近18萬原住民人口及27個原鄉地區。
外界質疑原博館選址結果，原民會回應表示，係依據立法院決議，重新辦理原博館選址評估，將全國各縣市均納入選址評估範圍，更具正當性。選址小組為尋最佳設館基地，於會勘過程均建議各地方政府若有更適宜基地可再行提報，原民會為求公正，特函請各地方政府可再行提報建議設館基地，過程可受公評。
原民會解釋選址在高雄的原因，主要是因為高雄市為南部重要城市，連結台南市、屏東縣及台東縣近18萬原住民人口及27個原鄉地區，為原住民族及平埔原住民族群聚最為密集區域，可強化原鄉與博物館之互動與交流，帶動原鄉文教與文化產業之發展。
原民會說明，為求原博館選址公正、公平及客觀，原民會特別邀集相關領域專家學者組成選址小組，就其專業領域辦理選址評估，擇定原博館設館基地，絕無政治考量。
對於新北市政府稱三鶯新生園區土地面積達30公頃，原民會說明，可供原博館實際使用土地面積僅有3公頃，高雄市澄清湖園區實際可提供使用土地達14公頃，明顯優於新北市待選基地。
