法理上，中央政府的主張有下列三點不當：
首先，雖然地方制度法第30條第1項明定地方自治條例牴觸中央經授權的法規為無效，但是憲法第116條規定：「省法規與國家法律牴觸者無效。」、憲法第125條規定：「縣單行規章，與國家法律或省法規牴觸者無效。」制憲者明白規定「國家法律」，依照「明示其一，排除其他」的法理，地方制度法第30條第1項擴大到地方自治條例不得牴觸中央經授權的法規命令，明白違反憲法意旨，應屬立法錯誤；政府要遵守憲法且依法行政，明知是錯誤法律，就不該援引，造成違法行政。
即使憲法第107年規定國際貿易政策屬於中央立法且執行，但是開放含乙型受體素之豬肉與豬肉製品進口，不只是國貿政策，更涉及到人民食安，憲法第110條明訂縣衛生事項，是憲法賦予的縣自治事項，至於直轄市部分，憲法第118條規定直轄市的自治事項，由法律定之，足證直轄市的自治權，係採框架式立法，法律只得落實直轄市的自治權，而不能剝奪自治權。地方制度法的重要性，在於該法具體化直轄市自治權與縣(市)自治權，地方制度法第18條、第19條明白規定直轄市、縣(市)的自治權，包括直轄市、縣(市)衛生管理；自治權的內容中，當然包括地方立法權，因此，可以推知地方食安自治條例可以自行規定其行政轄區內的食品管理措施。
其次，地方自治條例得在法律框架下嚴於中央法律。仔細觀察食品安全衛生管理法第15條第4項條文：「國內外之肉品及其他相關產製品，除依中央主管機關根據國人膳食習慣為風險評估所訂定安全容許標準者外，不得檢出乙型受體素。」可以得知，立法者原則是禁止國內外肉品及其他相關產製品含有任何種類的乙型受體素，包括萊克多巴胺，只要有例外的情況下，中央主管機關在配合國人膳食習慣下，做出事前風險評估後，才得訂定安全容許標準。一般而言，例外要從嚴解釋，以免破壞原則；且不說，衛福部就開放美國萊豬是狀況外，根本就沒有事前風險評估，更遑論配合我國人喜食豬肉臟的膳食習慣。
17個地方食安自治條例是在配合地方住民的膳食習慣下，貫徹了食品安全衛生管理法第15條第4項的禁止乙型受體素的立法原則，釋字第738號解釋理由書：「自治法規除不得違反中央與地方權限劃分外，若涉人民基本權之限制，仍應符合憲法第二十三條之法律保留原則」、「係直轄市、縣（市）之自治範圍，自非不得於不牴觸中央法規之範圍內，以自治條例為因地制宜之規範」與「立法者如為追求一般公共利益，且該限制有助於目的之達成，又別無其他相同有效達成目的而侵害較小之手段可資運用，而與其所欲維護公益之重要性及所限制行為對公益危害之程度亦合乎比例之關係時，即無違於比例原則」
