馬英九總統6日上午表示，「東海和平倡議」不是萬靈丹，但至少可以緩和爭議、爭取時間，解決更複雜的主權問題。他並將兩岸關係與台日、台菲並列為實踐「東海和平倡議」精神的實例，認為兩岸關係雖不是國際關係，但都涉及主權和「主權的權利」。
馬英九6日上午接見出席「東海和平論壇」的學者，再一次說明「東海和平倡議」的精神與實踐，特別將兩岸關係與台日及台菲關係並列，做為實踐東海和平倡議的3個「實例」。
在這3個實例中，馬英九說，兩岸關係不是國際關係，因此與台日和台菲關係都不一樣；但涉及的爭端解決，卻不分國際和非國際關係，「就像在聯合國的用語裡，侵略（aggresion）不限於是國際的」。
馬英九說，兩岸在主權上有很多歧見，因此提出「主權互不承認，治權互不否認」的主張，可以把目前無法解決的主權爭議暫時擱置，先找出雙方可以共同努力的領域，兩岸繁榮也可以增加。
但馬英九也說，「東海和平倡議」所提的是暫時措施，不是永久性解決，因為主權問題很難一次解決，透過先解決資源問題，把問題變小，再設法緩和或解決主權爭議。
馬英九說，「東海和平倡議」不是萬靈丹，但是可以緩和爭議、爭取時間，處理更複雜的問題，在暫時解決的階段可以維持繁榮，對大家是雙贏甚至多贏的局面。
為了讓外界更理解「東海和平倡議」的精神，馬英九特別說明，解決相關爭議的基本目標是和平與繁榮；從實際情況來看，兩岸和解促成更大的繁榮，使兩岸互動更多，又回過頭促成和解得到更多支持，兩岸爭執機會也因此變少。馬英九說，當爭端和對立衝突減少，雙方互信開始增加，互信延伸到國際事務，使原本相互衝突的兩岸關係和對外關係慢慢轉換成良性循環，因此使得台灣的國際空間變大。
