但中國政府並不承認世衛組織專家此次武漢之行為病毒溯源調查。用中國外交部發言人趙立堅的話說，這是「國際專家同中方相關領域專家就新冠病毒溯源問題進行的一次交流合作，是全球研究的一部分，不是調查。」
而另一位中國外交部發言人汪文斌強調，疫情是從2019年下半年開始全球多點多地爆發。他說，希望美國也邀請世衛組織進行病毒溯源研究。
楊建利對此表示，這是中國政府在混淆視聽，因為很顯然新冠疫情最早是在武漢爆發的，而且如有需要，他相信美國會以開放透明的態度，讓世衛組織進行調查。
他說：「除了中國的武漢還有湖北省的另外一個城市以外，沒有世界上另外任何一個城市病毒的感染者是大面積的在醫院裡爆發的。這是一個常識，這也是科學。基於常識以及科學的數據，科學界肯定是認為最有可能的源頭就是中國。所以首先想到中國去調查。其它地方有沒有可能？當然有可能。如果是世界衛生組織提出了我要到美國的某個研究所去調查，我相信這個是開放的。為什麼它沒有提出這樣的要求呢？因為基於它的數據、基於它的科學推斷、基於它的常識，它認為這個可能性非常小，首先要把資源用到可能性最大的地方去。中國政府在這就開始用陰謀論，從2020年的2月底開始用陰謀論擾亂視聽，使得今天本來比較清楚的一個事情變得好像不怎麼清楚了。」
世衛組織病毒溯源專家組3日得以進入武漢病毒研究所，在那裡停留了大約3個半小時。武漢病毒研究所一直是國際社會關注的一個焦點，有一種觀點認為，新冠病毒疫情大流行可能源於在那裡發生的一次事故。但中國政府對此予以否認。
前中國人權律師滕彪表示，此次調查已被中國政府高度政治化，因此允許世衛組織專家進入武漢病毒研究所，僅做幾個小時的停留，這是不能打消國際社會對它的懷疑的。
他說：「中國政府從去年年初開始，就把這個問題政治化。實際上更早在2019年年底的時候，就已經有一些關於新型冠狀病毒的檢測。中國政府把這個本來是衛生健康的疫情問題當作政治問題，這也是中國這樣一個政治體制決定的。它一定要把這個事情政治化，和它的政績、政治合法性、政治穩定連在一起。所以它在疫情爆發後不斷地設置障礙去掩蓋真相，同時阻礙世界衛生組織的調查，直到爆發超過1年的時間才允許世界衛生組織的一些專家去調查。在這種情況下，很難去排除人們的疑問。即使有一個什麼樣的結果，也很難排除人們對病毒真相，對這些調查是否獨立的懷疑。」
