一艘軍艦除了船體之外還有動力系統、艦上非武裝裝備、通訊、武器及控制系統等等、利益範圍相當廣大，據稱計劃一開始就引發各方的角力，通過有政治關係的「白手套」向軍方施壓，希望降低投標資格、修改規格，令軍方不勝其擾。
以往台灣海軍自行造艦都是由公營的中國造船公司、也就是現在的台灣國際造船公司領頭，但是近年來因為「鼓勵民間參與」等的政策之下，許多海軍的標案尤其是小型艦艇的標案，台船必須和其他公司競標，這次掃雷艇的標案就是如此。
杜絶弊端的方法
令人好奇的是台灣歷年向美國購買的軍艦和武器裝備金額龐大，為何鮮少聽到發生弊端的傳聞？不願透露姓名的海軍現役人士說，台灣向美國購買武器裝備分成軍購和商購兩種，軍艦是列入軍購的項目，而軍購是由美軍評估並且報價，並且必須經過美國國務院核准呈報白宮然後再經過國會，得經過層層關卡。
而且美國的法律也禁止掮客介入軍購交易，這些因素令台灣向美國軍購的軍艦雖然金額龐大，但是掮客無從插手，相對而言產生弊端的可能性就小很多，但是對台灣而言，就是只能買到美國除役的二手中古軍艦，從表面來看性價比不如台灣自行建造軍艦。
而台船領頭建造的軍艦則是因為台船是公營的公司受到立法院的監督，對有心人士有一定的嚇阻，但是卻也會有獨厚、特別待遇的疑慮，海軍人士認為從這次的掃雷艇標案來看，「國艦國造」計劃當中許多規則和規格好像都是「摸著石頭過河」定出來的。
不少媒體的評論也認為，「國艦國造」是個重大的計劃，對台灣國防極為重要，但是如果不檢討現行的所謂「遊戲規則」，難保未來不會出現和這次掃雷艇一樣的問題，讓自造艦艇「停留在模型的階段」。
