新竹水庫蓄水量低，靠近新竹科學園區的寶山以及寶山第二水庫蓄水率更是分別僅有20.1%和12.2%。日前經濟部長王美花就提到科學園區和工業區可在旱災期間鑿井滿足用水需求，引起不少討論。前內政部長李鴻源就指出，鑿井不是那麼簡單的，需要完整評估，且希望把鑿井留到真沒辦法時的最後一步，萬一鑿井造成地盤下陷，竹科的精密儀器恐怕難以承受。
王美花回應鑿井一說引起的議論表示，鑿井是在旱災時不得已才會採取的措施，這一點，李鴻源接受網路新聞節目《互動直播Live》時也有相同看法。他指出，以前面臨老天不降水的情況時確實有過鑿井的措施，但基本上都是少量取水。
科學園區每日用水量，李鴻源評估至少要20至30萬噸。另外，缺水50%，他估計竹科的損失可能達30億台幣。因此需要的已經是一座水庫了，而非鑿井可以滿足的。「新竹的地底下是否有這樣的含水層？」他表示，若在未謹慎評估新竹科學園區地質結構與特性的情況下，一天抽出約30萬噸地下水，是有可能導致地層下陷的，影響到廠區內的精密儀器。
那缺水問題怎麼解？李鴻源表示，其實做污水回收淨化是更經濟的方式。他表示，台灣污水處理廠1日報廢285萬噸的污水，約為1000萬人的用水量。「我們的污水處理廠將污水做到2級處理後就把它扔了」李鴻源建議，應將污水處理提升到第3級並做有效利用，不但可以開發水源，各縣市政府也可以透過污水回收開拓財源。
至於海水淡化是否可以協助緩解缺水問題？李鴻源認為它其實只是輔助用，因為處理費用一度約為30元，但污水回收一度只要約17元，相形之下海淡在經濟效益上似乎仍略遜一籌。另外，由於海水淡化後剩餘的高鹽分滷水最終會排放回海洋，李鴻源表示，這對環境也是一種負擔，且新竹海淡廠的漁民已經開始有反彈聲量。
李鴻源呼籲，在水情告急之時，政府可以參考過去設立的6個污水回收示範廠，其中一個就是高雄鳳山溪污水處理廠。妥善循環水資源，也避免對環境造成的傷害。
