珍愛藻礁公投第二階段連署已於10日截止，公投連署工作小組表示，截至10日為止已累計64萬4105份連署。針對藻礁公投，台灣基督長老教會日前曾在臉書粉專發文表示，教會因決策程序未完備及國民黨政治操作，暫停公投連署工作，此事引發各界討論，台灣基督長老教會11日則發布聲明並呼籲，教會和國人應摒棄黨派立場，一同維護台灣生態永續發展。
台灣基督長老教會日前召開研討會，針對藻礁公投爭議組成聲明撰寫小組。會中有委員建議，參與公投連署應先經總會教社主委或委員會開會同意。公投主辦者林偉聯表示，藻礁連署事前無爭議，因時間緊迫，才按照過往案例參與，沒想到國民黨藉此進行炒作，如今已有爭議，讓總會教社委員會開會決定。
總會教社委員會決定對此草擬聲明，根據台灣基督長老教會發布的聲明稿指出，公投是台灣人民意志的機制，因此教會呼籲教會和國人應繼續支持和深化藻礁公投行動的議題。教會長期主張非核家園，並譴責任何想藉藻礁公投議題，偷渡重啟核四及破壞生態環保運動目標的企圖。
台灣基督長老教會建議，藻礁具有全球珍稀性，呼籲政府應盡最大努力，維護這種的生物多樣性機制，並持續與環保團體積極對話、協商，提出最符合生態原則的替代方案。
