媒體報導，民進黨嘉義市黨部上月發函黨中央，指黨籍立委王美惠3、4月間動員上千人入黨，更質疑有國民黨員、黑道背景人士參雜其中。王美惠解釋，號召千人入黨，是讓想要改革的人能夠進入體制內，改變嘉義市黨部家族化困境。
前立委段宜康日前晚間透過臉書提到，黨內已不記得8年前黑道大量入黨的教訓，民進黨4月更改規定，讓黨員入黨1年就可在黨職選舉投票，聽說某些縣市在規章修改前後，就已經湧進大批入黨申請書。
王美惠2月曾召開當選周年記者會，當時表示，希望民眾踴躍加入民進黨，強調沒有設定號召多少人入黨，只要願意加入民進黨的人，她都樂意當推薦人。
對於此次爭議，王美惠今表示，嘉義市是民主聖地，嘉義市民進黨黨部在民進黨草創階段也扮演重要的角色，隨民主的深化，嘉義市政權的輪替，民進黨市黨部卻在黃家父子女連續擔任11屆22年主委的把持下，市黨部墮落成家族化企業。號召千人入黨是為響應中央黨部及小英號召，希望藉由千人入黨由量變產生質變，讓想進入嘉義市黨部體系改革的人變得可能。
王美惠直嗆，她跟著民進黨成長，雖然為民進黨守住嘉義市這席立委，卻對不起老黨員對黨部的感情，黨部在黃家把持下黨員凋零，黨部常常與中央唱反調，在輔選期間扯後腿，不願意承擔輔選責任，關鍵時候把黨部鐵門拉下來，這不是與民眾站在一起的黨部。
王美惠表示，她當選立委之後，加上修改入黨滿一年的契機，很多老黨員希望她能夠改變民進黨市黨部，但改變需要很多人同舟共濟，萬眾一心，她跟這些前輩說，可以帶頭但需要大家一起重返民進黨，當蔡英文的後盾、當王美惠的基石，確實很多人願意改變。
最後，王美惠強調，雖然很多人響應號召，卻被市黨部百般刁難，大多數的入黨申請書，市黨部也不審查、也不退件、更抹黑這些支持改變的同志，讓這些新舊黨員十分焦慮，她雖然草根性，但也不會向家天下的市黨部低頭。
