「到達冰點」
香港時事評論員劉銳紹認為，這次香港關閉駐台經貿文辦的原因也是因為台港關係從來都是與兩岸關係掛勾，而目前北京和台北的關係冷卻之下，台港關係「也到達冰點」。他在香港報章撰文說，隨著美國和台灣的關係變得緊密，北京政府正觀察推動台灣獨立的陣營會不會趁機行動。
另一名評論員林和立接受香港媒體訪問時又說，蔡英文表明不接受訂明中國大陸和台灣屬同一國家的「九二共識」，令北京認為她和民進黨都有意傾向台灣獨立，因此不排除香港政府這次關閉駐台辦公室，是聽令於北京。
蔡英文去年接受BBC專訪時表示，台灣不需要宣告自己是個獨立國家，因為「我們已經是一個獨立的國家，我們叫自己中華民國（台灣）」。
台灣媒體引述淡江大學中國大陸研究所榮譽教授趙春山認為，關閉香港駐台灣經貿辦是中國大陸官方政策的一部份。他形容事件「很不利兩岸來往」，而且目前難看到解決方案。
特殊關係
香港和台灣官員過去交流，往往是以民間團體的形式進行，例如香港前財政司曾俊華2012年到訪台灣並出席香港駐台灣經貿文辦的開幕掛牌活動，就是以非政府組織「港台經濟文化合作協進會榮譽主席」的身份。
雙方互設的代表處的設計上，也可以看到兩地的特殊關係。
香港在主權移交後按北京政府的立場，視台灣為中華人民共和國一部份，因此駐台灣的機構在香港政府架構內，從屬於負責管理香港和中國大陸事務的政制及內地事務局，這個安排與香港駐廣州、上海、成都等大陸城市的安排一樣。
這與香港政府在英國、美國等地設立的辦事處從屬於負責推廣經濟和貿易的商務及經濟發展局的做法不一樣。
台灣方面也有類似的情況，2011年前台方駐香港的機構稱為「中華旅行社」，雖然名義上是旅行社，實際上也會提供簽證、協助在港台灣人等一般大使館提供的服務。這與中國大陸在香港主權移交前和移交後初期，在香港設立新華社香港分社的做法類似。新華社當時名義上是新聞機構，實際上是北京政府駐香港的機構。
而台灣政府駐香港的辦公室，在台灣政府架構內從屬負責中國大陸事務的大陸委員會，這同樣與台灣駐其他國家的辦公室從屬台灣外交部的做法不同。
