中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中近期防疫成績備受質疑，外界屢有撤換指揮官聲浪。總統府晚間發出聲明表示，民進黨籍前立法委員郭正亮28日於政論節目稱，傳出前副總統陳建仁將接任中央流行疫情指揮中心所謂「召集人」相關議題，完全是無中生有，憑空捏造的謠言，嚴重悖離事實，總統府、行政院也未曾有郭正亮所稱討論。張惇涵說，既然自始沒有討論，更沒有後續的相關議題。
張惇涵表示，依照《傳染病防治法》及《中央流行疫情指揮中心實施辦法》，指揮中心的組織是由「指揮官」統一指揮，並沒有「指揮中心召集人」這個職務，郭正亮擔任過3屆立委，應該熟稔相關法規，若聽聞此類無中生有的訊息，應該可以協助澄清。
張惇涵重申，在野黨及部分人士近日炒作撤換陳時中指揮官，是沒有必要的政治操作，政治語言對防疫也毫無幫助。
張惇涵表示：「陳時中指揮官跟在第一線打拚的防疫人員，依照專業進行疫情研判和防堵疫情；行政院蘇貞昌院長統籌各部會協助防疫能量，以及推動紓困方案；總統與國安團隊，從國安角度跟戰略視野，掌握並加速推進疫苗進度，並部署國內經濟、金融、國安面向的穩定措施。執政團隊各司其職、各有分工、互相協助，執政團隊上下同心協力，只有一個目標，就是克服這波又快又急的疫情挑戰。」
張惇涵呼籲，落實防疫工作，是勤洗手、戴口罩、保持社交距離，尤其是29日起適逢周末，大家非必要、別出門，大家一起做好這些，才是對防疫有意義的事。他說，此時此刻，需要的是全民團結一致，落實防疫措施，最不需要的，就是這些干擾防疫工作的政治口水。
而行政院發言人羅秉成也表示，行政團隊就是陳時中指揮官、整個指揮中心最大的後盾。外界所謂換掉指揮官的傳言，均屬坊間謠言，絕非事實。
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