立法院31日上午針對《紓困條例》朝野協商，民進黨立法院黨團同意國民黨團提出的「行政部門必須提出3+11、BNT取消EUA之報告」。疾管署31日晚將近10時回覆立法院表示，若在6月12日後，未接種新冠肺炎（武漢肺炎）疫苗的機組人員將採取「5+9」的方式管理。
之前中央疫情指揮中心同意機師3+11居檢規定，被視為是這波疫情爆發的主因，疫管署今日調整規定，要求未打疫苗的機組人員都適用「5+9」居檢規定。
疾管署表示，國籍航空公司機組員之防疫健康管控措施已多次滾動修訂，旨揭檢疫規定調整，是經本中心內部跨組，包括疫情監測組、邊境檢疫組、社區防疫組、醫療應變組及專家等討論，自4月15日起調回去年檢疫管理模式及增加核酸檢測，未作成會議紀錄，並於記者會對外宣布。
疾管署說明，外站「零接觸」管理，抵外站後自機組員通道快速通關、搭乘專車至防疫旅宿、住宿限同樓層且1人1室禁止離房、用餐安排以客房服務專人送至房門口、禁止接觸當地訪客，且有1次性房卡鎖定與CCTV監視等偵測機制。
疾管署表示，機上全程防護有飛行前勤務防疫指導、執勤前健康聲明且有症狀暫緩派飛、全程佩戴口罩與手套及強化手部衛生、簡化餐點服務流程、設置組員專用廁所、用餐時間間隔、避免交談及返台航班禁售免稅品等。
疾管署也說，返國後居家檢疫採檢與自主健康管理等措施，包括居家檢疫期間啟動電子圍籬等管理機制。
疾管署指出，檢視今年1月至4月期間資料，認為交通主管機關已督導航空公司落實外站「零接觸」管理、機組員機上全程防護，且同時期已累計採檢9000餘件機組員之核酸檢體，檢驗結果皆為陰性。
不過，疾管署提到，另查機組員外站違規案件數減少、違規情節亦屬不熟悉新制等疏失，合計6件。其中5件於「7+7」期間、1件於「5+9」期間，違規原因係機組員離房投遞食物販賣機、使用微波爐，或誤解流程至大廳領取餐卡或餐點等。
疾管署強調，機組員透過職場身心健康評估、醫療專家、民意代表及媒體等各種管道，多次表達已遵守各項專案防疫規範，卻仍長期於「檢疫-執勤-檢疫」循迴，已嚴重影響其身心狀況及飛航安全。
最後，疾管署表示，由於機組員經常往返於國際間，屬高接觸風險、高傳播對象，為促使機組員儘速施打疫苗、獲得個人保護力及確保國內防疫安全，6月12日後，對於未接種新冠肺炎疫苗的機組員，將要求長程航班機組員返台檢疫措施調嚴為「5天居家檢疫（採檢陰性）+9天加強版自主健康管理」。
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