針對新冠疫苗施打爭議，台北市政府及中央流行疫情指揮中心10日再度隔空交火，台北市長柯文哲出示疾管署4月21日公文，指中央曾表示若評估疫苗無法於效期內用畢，可在轄區內衛生局人員協助下，將疫苗配送至其他合約醫院、非合約醫療院所或衛生所。
指揮官陳時中在記者會中回應，4月的時候AZ疫苗施打率低，又有庫存及效期的因素才需這樣調度，但這批調度到好心肝診所的疫苗效期到8月，並沒有疫苗「效期將至」的狀況，而且疫情升溫後已宣布雙北僅能對第一類到第三類對象施打。有關這次好心肝事件，接種對象是否是合規定的第一到第三類對象，才是重點。
指揮中心也在晚間發表回應，並嚴正指出疫苗接種政策為全體國民重要權益，相關規定、流程、接種對象及順序均公開透明，如有違法事項絕對依法徹查、嚴正法辦、絕不寬貸，有心人士切勿心存僥倖，以身試法。
指揮中心強調，所謂4月21日之發文是指揮中心於4月14日與衛生局召開協調會之紀錄，其中一項決議為若合約醫院 新冠疫苗庫存量過多，評估無法於效期內用畢，為使疫苗有效運用，可在轄區衛生局人員協助下，將疫苗配送至其他合約醫院、非合約醫療院所或衛生所，需用者儘速使用，調度以一次為限，運送時應符合疫苗冷運冷藏相關規範等。
而當時狀況是因一批疫苗即將於5月底到期，當時開放之公費對象接種意願低，故將疫苗進行靈活配置，於效期前提供開放之公費對象中的需求者接種，以儘速適當使用疫苗。
指揮中心進一步說明，自5月下旬起，因疫情致疫苗接種需求大增，指揮中心為保障第一線醫護及防疫人員安全，依ACIP疫苗工作小組會議決議，以電子郵件通知地方政府衛生局，自5月24日起優先提供第一類至第三類人員接種，並視疫苗庫存量及接種規劃，提供3月22日至4月11日已完第一劑之醫護人員與因公務出國者接種第二劑，此外，必須暫緩「自費對象」以及「第一類至第三類同住者」接種。
後續指揮中心撥配疫苗時亦皆「限定接種對象」，雙北地區以第一類至第三類未曾接種第一劑疫苗的醫事、防疫人員及高接觸風險者為優先接種對象，並未開放其他對象接種。有關好心肝診所接種疫苗的事件，疫苗效期至8月多，應無庫存量過多而無法使用之疑慮，且接種對象是否為開放接種之公費對象，為應釐清之重點。
另有關中央政府850瓶疫苗置於台北市或轄內醫院一事，指揮中心說明，該等疫苗為指揮中心專案同意列冊施打對象，總計配送650瓶疫苗，其中差距之200瓶係為已送至台北市立聯合醫院仁愛院區，提供華航機師及機組員接種之疫苗，另80瓶為指揮中心提供中心內各部會及疾管署人員施打，目前剩餘30瓶。
指揮中心也提到，有關疫苗接種預約系統部分，於這次124萬劑疫苗接種規劃，以運用現行合約醫療院所預約模式提供民眾接種服務；北市府所提指揮中心規劃之預約系統，為大規模接種措施使用，目前正積極測試中。
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