本土新冠肺炎（武漢肺炎）疫情嚴峻，日本贈台124萬劑AZ疫苗12日已陸續配送到各縣市，並依各縣市規劃陸續開打，首波配送逾66萬劑。指揮官陳時中強調，這次配發疫苗量雖多，但仍不足以讓所有人接種，盼中央地方一起努力，也考量到離島醫療量能及運送較困難，已配送較多的劑量。
根據指揮中心提供的縣市分配數據，新北市拿到8.3萬劑最多，高雄市8萬劑居次，台北市及台中市都各拿到7萬劑，桃園市及台南市則都拿到5.6劑，六都直轄市以外則以彰化縣的3.7萬劑最多，其餘縣市大都拿到1至2萬劑不等的數量，本島僅嘉義市、台東縣拿到8000劑最少。離島部分，澎湖拿到1.23萬劑、金門拿到1.12萬劑，連江縣則拿到1100劑。
指揮中心的分配表雖指台北市拿到7萬劑，但是台北市長柯文哲表示，扣掉中央寄放在北市的1.2萬劑，台北市還有5.8萬劑可以施打。
疫苗獨厚高雄？指揮中心：疫情狀況等情形綜合評估
指揮中心說明，各地方政府分配數計算基礎為「第一至三類未接種人數」的6成，加上「長照機構未接種人數」的6成（離島加權至8成以上），以及「75歲以上人數」的27%（離島加權至九成以上），加上「洗腎患者人數」之全數，以上4對象合計數扣除「已配送莫德納疫苗數」，即為各地方政府本次獲配疫苗數量。
指揮中心重申，每批次疫苗配送各地方政府，是以疫情狀況、疫苗數量、接種情形等綜合評估後，訂定分配數計算基礎之公式，對各縣市依比例公平分配，指揮中心也會根據各自縣市之疫情及後續接種情形等狀況分析，滾動檢討並加強配送作業，全力協助地方政府推動疫苗接種作業。
12日下午一度傳出高雄市獲配超過9萬劑疫苗，比疫情嚴重的新北市、台北市還多，也引起縣市首長及民意代表質疑中央的分配公平性，台北市長柯文哲更酸說高雄市有內線交易，並直言，在股票市場內線交易是很嚴重的罪名，但是就不曉得說，在政治的場域，內線交易要算什麼樣的罪名？
發言人莊人祥隨後對外澄清，外傳高雄市獲得9萬多劑是包括1萬餘劑給國軍接種的疫苗，只是由市府代收，所以高雄市能給一般民眾接種的劑量實為8萬劑，他也強調各縣市獲知疫苗配送訊息的時間都一樣，指揮中心並無獨厚高雄。
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