在防疫旅館連續待14天其實很折磨，陳其邁也清楚，5月本土疫情爆發，正值知名的玉荷包荔枝銷不出去，高市府去產地採購，每位隔離者都送；端午節也準備了粽子，當成一點貼心精神打氣鼓勵。每位隔離者都會收到陳其邁的小卡片，陳其邁將每位被隔離者，都視為是高市府的「防疫英雄」。
陳其邁防疫旅館早就備妥，和高雄榮總、高雄長庚、高醫大、義守醫大等四大醫學中心，平常就都有緊密互動。因為陳其邁學醫出身，和醫師當然有話聊。5月中雙北疫情爆發，陳其邁憑平常和各醫學中心的互動交情，馬上就和各醫院協調降載病房，在台北市還在和中央吵到底是病房數、還是病床數，就已生出1191病床備戰，最高還能衝到2541床。陳其邁還請四大中心的醫界、公衛權威，組成專家小組，每天晚上都開會，滾動式檢討市府各項防疫作為。
雖反對普篩，但早就備好快篩能量
陳其邁自己學公衛，清楚疫調的重要。此波本土社區感染疫情，高雄市面對的第一個危機，是仁惠醫院的感染，陳其邁除了發揮「緊緊緊」的性格，一天就把醫院清空，列出所有要隔離者，尤其妥適地安排高難度的29位呼吸症狀疾病轉院收治，一開始隱匿的麻將館感染足跡，陳其邁憑任副閣揆時建構的電子足跡比對，協調警方，把所有可能感染者都找到，守住了這個破口。
高市衛生局每年都要應戰登革熱，本就有很強的疫調能量，陳其邁又把擅於問案的警察整合進來協助。每天晚上專家會議完，陳其邁幾乎都會到衛生局替還在加班忙疫調的市府同仁打氣，甚至還幫忙研究個案，一起出主意。高市衛生局雖被操得很慘，但士氣都很高。
是否普篩，一直是藍綠攻防議題，陳其邁雖反對普篩，但早就備好快篩能量。高市府早備好超過20萬份快篩試劑，進行精準快篩，再搭配高雄的醫療體系進行PCR，超過兩萬位市府認為有感染可疑，和自己自費進行篩檢的受篩檢者，都沒發現感染，也印證了高雄市的抗疫成效。
陳其邁雖去年中離開副閣揆職務，但從未忘記注意疫情，今年5月15日，爆出180例本土確診個案，行政院當然宣布雙北提升為三級警戒。當日高雄就率先提出「準三級」，許多防疫措施直接比照第三級警戒，甚至更加嚴。四天後，更開始全市大執法，針對未配戴口罩違反防疫規定者予以開罰，讓高雄市民口罩配戴率達到百分之百。
市場身分證字號分流，外縣市紛紛追隨
高市府留意到雙北疫情多發生於傳統市場、賣場群聚，率先要求夜市及所有餐飲業只能外帶、不得內用。也和基隆同天，宣布傳統市場進行身分證字號分流，全面落實實聯制。事實上，林右昌會注意到市場，是和陳其邁的諮詢，基隆、高雄對傳統市場的分流控管，不只民進黨執政縣市跟進，幾個藍營縣市也有效法，更讓台北市長柯文哲抗拒了幾天後在假日採用，唯獨侯友宜的新北仍採取不同作法。
抗疫當然衝擊民生，當年韓流竄起時，一貫挺綠多年的計程車駕駛，竟然多數轉挺韓，這讓陳其邁是謹記在心。5月中疫情升溫，高市防疫計程車司機日薪，從每日3500元提高至5000元，將防疫計程車從原先的24輛提高至74輛。
中央宣布全國進入三級警戒，許多餐廳商家及計程車業者生意大幅受到影響，高市府與LINE及一卡通公司，鬆綁法令，共同推出「高雄好家載」平台，透過防疫互助經濟的概念，媒合消費者、餐廳及計程車業者三方，凡購物滿499元者由市府補貼計程車業者85元起跳價，以此為餐廳及計程車擴展生意，成為高市府推廣防疫新生活的最佳落實，替沒客人載的計程車找商機。配合近日開始的疫苗大量施打，高市府媒合計程車搭載長輩去接種疫苗，一天給予3000元補貼。
疫情當然衝擊政情，享有一年防疫光環的民進黨中央執政破功，陳其邁在地方成功抗疫，成功幫助在台北的府院黨對抗白藍夾殺。必須援引陳其邁範例對抗的中央似是破了功，卻也確立了2018年丟了南台灣民進黨執政要地高雄，算是當年戰犯的陳其邁之成功。
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