人民動員軍被控私刑處死遜尼派民眾
人民動員軍成為什葉派民眾崇敬的對象，同時也成為伊拉克遜尼派穆斯林心上一塊大石。據報導，人民動員軍每次奪下IS所控制的城鎮，都會被控未經審判就殺害、刑求、毆打村民，只因為懷疑他們與IS勾結。
「人權觀察」（HRW）組織2016年多起調查指出，IS逃離村莊後，人民動員軍會把村民集合在一起，然後叫出其中幾位男子，在眾人面前槍殺他們。2016年12月一份報告指出，人民動員軍一支部隊攻下摩蘇爾北部一個小村莊，至少私刑處死了4位遜尼派村民、另有2位村民下落不明。被槍決的4人有一位曾短暫加入IS又退出，但其餘人士都不曾加入。他們都在自己的家人面前被槍決，一位婦女因為丈夫被處死而哭嚎，士兵還對她怒吼：「為什麼要為了IS的走狗而哭？！」
「人權觀察」調查還說，有很多難民指證歷歷，人民動員軍動用私刑時伊拉克政府軍也在場，但政府軍完全不打算制止。
日前伊拉克庫德族自治區舉行獨立公投，引起伊拉克政府緊張、派兵奪下庫德族掌控的石油大城基爾庫克（Kirkuk），人民動員軍也和政府軍一起前往，此舉引起庫德族疑心，批評人民動員軍為「伊朗的魁儡」。
伊拉克教派糾葛，潛藏分裂危機
伊拉克人口組成極為複雜，97%民眾信仰伊斯蘭教，但又可依據教派與民族分為三大族群：什葉派阿拉伯人（約55-60%）、遜尼派阿拉伯人（約20%）、遜尼派庫德人（約17%）。獨裁強人海珊執政時，政府與軍隊成員幾乎都是遜尼派阿拉伯人，庫德人與什葉派阿拉伯人受到殘酷高壓統治，屢次遭血洗滅村，也造成教派分裂更甚。
2006年，美、英為首的多國聯軍拔除海珊政權，扶持了什葉派政府上台，新憲法規定，什葉派、遜尼派及庫德族分別位居總理、國會議長和總統三大要職。但是伊拉克為內閣制國家，總統為虛位元首，因此實權落在什葉派手中，當時總理馬利基（Nouri al-Maliki）無力重建伊拉克，選擇打壓遜尼派、又限縮庫德族權利，導致遜尼派民眾極為不滿，屬於遜尼派的IS因此逐步擴張成最強大的恐怖組織。
總理阿巴迪：安撫遜尼派、拉攏庫德族
前總理馬利基成為各黨派的公敵之後，美國等西方國家也不肯支持，他在2014年決定下台，同屬什葉派的阿巴迪（Haider al-Abadi）繼任。
阿巴迪執政後開始對遜尼派展現寬容，如當時一位遜尼派國會議員阿瓦尼（Ahmed al-Alwani）因謀殺罪被判處死刑，引發其部落不滿，阿巴迪立刻召集遜尼派官員會議，並保證不會處死阿瓦尼，成功拉攏遜尼派部落；阿巴迪也與庫德族達成分享石油利益的協議，緩和庫德族分裂出走的緊張情勢，庫德族部隊「敢死軍」（Peshmerga）之後成為打擊IS最強悍的力量之一。
