《所得稅法》上周四（18日）正式三讀通過，攸關醫院與私校等財團法人「教育文化公益慈善團體股利淨額，不計入所得額課稅」規定，正式走入歷史，企業捐贈之醫院與私校之股息收入，80%必須用在創設目的相關用途，才能享有免稅待遇，以長庚為例，每年恐面臨6.5億到32億元的所得稅，相關規定出爐後，已引發企業主連鎖反彈，除了責備台塑集團捅了馬蜂窩，害他們跟著受累外，目前也積極遊說，防堵《醫療法》修正案通過，避免非醫療收入強制用在教學研究與社會救濟用途。
長庚急診部集體請辭風波 所得稅法增訂「長庚條款」
長庚醫院去年7月爆發經營團隊縮減急診部門員額，導致醫師集體請辭，長庚急診室風波讓台灣各界驚覺，醫療財團法人制度在台灣實施40年，醫院竟然變成企業財團節稅的控股機構，企業捐助醫療財團法人，長期以來累積龐大股利收入，卻不願意將收入用在提升醫護人員待遇等創設目的，為了解決醫院、私校「控股化」問題，《所得稅法》修正案特別訂定了「長庚條款」，配合「兩稅合一」股利所得部分扣抵規定的廢除，「教育文化公益慈善團體股利淨額，不計入所得額課稅」的規定，在本次修法也正式走入歷史。
換言之，醫院、私校未來如果股利等收入，用於創設目的相關比率，低於財政部頒布《教育、文化、公益、慈善機關或團體免納所得稅適用標準》的80%門檻，年度收支結餘金額，應繳納20%營利事業所得稅。
收入1億以上即達80%「高標」門檻 多數大醫院皆在適用範圍
財政部官員表示，如果一家醫療財團法人股利收入為100億元，依據上述規定，每年用於創設目的相關支出，必須高於80億元，才能適用免稅規定，否則結餘部分就得申報營所稅，每年稅負大約增加4-20億元。
官員強調，《所得稅法》修正案，「財團法人股利所得免稅」的規定取消，係配合「兩稅合一」制度的改變，未來企業大股東雖然不再享有「兩稅合一」股利所得部分扣抵優惠，但股利所得採分離課稅，讓大股東稅率從最高的45%降為28%，醫療財團法人股利收入，雖然得繳納20%營所稅，但至少比自然人股東所適用28%的股利所得稅要低。
根據財政部日前預告《教育、文化、公益、慈善機關或團體免納所得稅適用標準》，收入總額在1億元以上者，用於創設目的相關支出，不得低於80%，收入總額在5000萬元以上、未達1億元者，不得低於70%。
目前可以確定的是，絕大多數財團法人醫院、私校，併入股利所得後，都將適用80%的「高標」免稅門檻，股利收入比較小的財團法人，例如大陸工程捐贈「浩然基金會」、「國泰人壽職工福利委員會」，未來則必須符合70%的「中標」；至於股利所得低於5000萬元的永豐餘集團「信誼基金會」、遠東集團「徐永庠先生紀念基金會」，則是適用60%的「低標」。
