當下被救起的學員許家綸回憶，許世傑確定每位學員都上了救生艇或跳船之後，才最後一個跳進海裏，也許是之前保護學員耗費太多體力，獲救時已陷入昏迷，緊急送醫仍不治。
國研院長羅清華十二日表示，他在第一時間接獲同仁回報，聽到「咚、咚」兩聲巨響，就發現船已進水，且水勢強大。有船員指出，船艙是在破洞後開始進水，接著失去動力。
來不及關密閉艙隔間
輪機長許祖雄則表示，船隻突然失去動力，相當不尋常，他立即詢問機艙人員，此時船艙已湧進海水，緊急向船長報告，並試圖關上密閉艙隔間已經來不及。對於這突如其來的意外，資歷三十年以上的他當場也無法判斷真正進水原因。
外傳海研五號是因觸礁沉沒，五十六歲的黃余發否認這個說法。他說，海圖顯示該區域二海里範圍內水深都至少二十米，應可安全通過，除非有未標示出的暗礁。但他可能不知道當時船已偏離航道，此一致命的疏失，讓這艘大型研究船漸漸步上「鐵達尼」後塵。
海研五號配有「黑盒子」（VDR），記錄航行、機艙、安全參數以及駕駛台通訊和雷達資料，潛水人員將在天氣回穩後，出海打撈，以釐清海難原因。
外界對造價高昂的海研五號如此經不起風浪襲擊感到不解。台灣大學工程科學及海洋工程學系教授林輝政指出，一般研究船壽命至少三十年，「海五」船齡只有兩年，機械故障可能性不高，船上配備最先進的聲納設備，可偵測海底地形，不太可能觸礁，就算當時是八級風，對「海五」這種大船也不構成威脅。
「海五」船難被形容是台灣版「鐵達尼號」。林輝政指出，鐵達尼是因為整艘船身直接被冰山劃破，船裂成兩半，導致船艙進水沉沒，但「海五」這種大型先進船隻具有橫隔艙壁設計，除非船艙進水超過安全上限，否則就算是小範圍觸礁也不至於沉沒。
至於船艙進水時間，外界有不同議論。有媒體質疑根據船隻每十五分鐘要定時回報船上監視畫面時，當天下午兩點多就疑似有機艙進水。但黃余發說他是在下午五點多接到輪機長報告說機艙進水。另一死者國研院海洋科技中心研究員林怡君的母親林媽媽則質疑既然五點多就知道有漏水，就應該叫大家趕快逃生，為何等到八點多才喊疏散。
船難原因眾說紛紜，有傳指事故是因為「海五」是新船長的緣故，科技部長張善政澄清說，今年三月就任的黃余發曾在長榮旗下貨輪擔任船長，經驗豐富，不是新船長。國研院進一步指出，黃過去擔任過建和、祥和等多艘大型船船長，首次上「海五」的時間是今年三月一日，已駕駛過十幾次，到菲律賓附近、曾母暗沙等海域做研究，似在反駁外界所指的人為肇禍。
