時代力量前立委黃國昌之前指控，民進黨前秘書長、現任民進黨智庫新境界基金會副董事長洪耀福為圖利國策顧問秦嘉鴻，邀集國營事業高層，協調科學城物流股權轉讓事宜。對此，洪耀福15日下午委請律師到台北地院提出自訴，控告黃國昌誹謗，雙方將在法庭見。
洪耀福說，他在臉書留言要求澄清，黃國昌既然反嗆要他在法院見，那就大家到法庭見。
由台糖、華航與民間企業新竹物流合資成立的科學城物流公司，自2017年進行股權轉移，最終由內陸運輸公司嘉里大榮在2019年取得逾60％股份與經營權，實質掌控原本屬於泛公股企業的科學城物流。
不過，黃國昌7月間質疑整起讓政府失去對科學城物流控制權的股權交易案，涉及利益輸送與官商勾結，並點名益州化工董事長秦嘉鴻，不僅個人藉買低賣高科學城物流股份獲利超過千萬元，還以總統府國策顧問身分，與「黨政高層」合力要求華航、台糖配合，讓科學城物流經營權落入被懷疑有紅色資本背景的嘉里大榮手中。
黃國昌更於9月8日公開指控協助秦嘉鴻喬事的「黨政高層」，就是民進黨前祕書長洪耀福，並明確點出2017年6月2日下午，洪耀福與秦嘉鴻曾邀集華航、台糖、新竹物流代表，到民進黨中央黨部會商，當場敲定華航出售手中的26％科學城物流股份，依成立公司時協議擁有優先承購權的台糖，則放棄認購，由新竹物流吃下華航股份。
黃國昌臉書發文爆料後，洪耀福隨即在文下留言聲明：「本人從未召集國營事業高層至中央黨部大喬特喬科學城物流的經營權與股權交易，也從未與華航及台糖任何人（不論是高層或基層）見面或電話討論過科學城物流股權交易一事。」要求黃國昌撤下不實言論，否則將採取法律行動。黃國昌則回覆留言反嗆洪耀福「公然說謊」、「敢做不敢當」，還嗆法庭見。洪耀福於是在今天下午委請律師提出毀謗自訴，雙方勢必將在法庭見。
黨政高層說，黃國昌打此議題有政治目的，與個人想與民眾黨合作，競選台北市長，並在新竹支持民眾黨候選人有關。事實上，華航、台糖當初是在李登輝執政時代，因為政策性配合，與新竹物流合作成立科學城物流公司，但華航一直因為物流非本業，有出脫念頭，且由於當初公司成立，股權出售，三家原始股東有優先條款，華航17年讓售原有26%股份，在台糖沒興趣狀況下，由新竹物流取得，新竹物流再讓售給有交叉持股關係的嘉里大榮。但黃國昌指控嘉里大榮因為順豐入股淪為紅色資本，是嘉里大榮取得科學城物流股權之後，且雖然中國順豐收購嘉里物流，但收購並不含台灣業務，對相關質疑，投審會經查，也曾公開提出說明過。
