總督對自己在事件中措手不及的表現感到羞恥，於是寫了一封信給天皇，表達道歉與遺憾的心意，並承諾此後將比過去更加警覺。他必須在六月間前往東京述職，一方面解釋他的行事方式，另一方面說明他對治理殖民地的想法。一般認為過失並不都在他這一邊：他擁有的部隊數量不足，通譯人數也太少，日本報紙《中央新聞》則指出，如果政府不採納他的意見，他有意辭去總督一職。
五月八日的造反發生在台灣人的日本國籍生效當天，這點值得福爾摩沙島的新主人深思：叛軍選擇的日期，以及他們在當天清晨第一次流血失敗以後立即試圖對大稻埕發動第二次攻擊一事，都為這個事實染上某種政治色彩，顯示島上有一股堅決反對外國支配的抗議心態。日本當局要讓福爾摩沙人喜歡日本國旗，是否比最初以為的更困難，也必須耗費更多時間？最近的消息告訴我們，光是在台南，就有三千名中國人準備移民：這些都是有錢人，他們有能力支付返回祖國的費用；不過除了他們以外，有很多窮人被迫留在原地，由於他們痛恨日本人，他們可能在未來很長一段時間內繼續製造嚴重的麻煩；有人發現，大稻埕被洗劫時，外國人的產業受創特別嚴重：叛軍是否企圖使日本與其他列強發生矛盾？
話說回來，日本人對他們的殖民地的未來充滿信心。目前總督正在按照東京方面的命令，組織本地部隊，就像法國與英國在他們的主要非洲或亞洲殖民地的做法一樣。七月一日，新的募兵制度就會開始實施。今年為了節約預算，只會募集六百四十名兵員；明年將成立六個具有作戰能力的連隊，三年後則將有六個完整的營。服役年限定為四年常備役加上四年後備役；軍餉是每月八日圓（二十法郎），其中扣除兩日圓作為伙食費；這個薪餉的計算依據是島上的現行薪資水準。服裝由國家提供；不過本地軍人可以保留中式服裝以及難以強迫他們放棄的髮辮；日本軍服不具強制性。不過紀律要求將與日本部隊相同，武器裝備很可能也一樣。有了這支熟悉當地環境、會說當地語言、與居民的風俗習慣也相同的小小殖民地部隊，日本當局希望很快就能達成平定全島的任務。
不過達成征服目的並不代表一切；殖民當局還必須有效組織征服地的事務，而截至目前為止，儘管殖民母國已為此支出數以百萬計的金額，福爾摩沙仍舊處於全然混亂的狀態。日本的報紙充滿對島上殖民政府的嚴厲批判，隨時都會出現殖民地日本公務員貪汙的消息：某某人身無分文前往該地，不久後就靠賄賂、賭博或厚顏無恥的敲詐行徑，累積大筆財富，如最近一家東京報紙所指，「駐福爾摩沙公務員」這個稱呼已經成為「土匪」的同義詞。
