中國「清華海峽研究院」於新竹清華大學設立辦公室，引起各界質疑。對此，新黨台北市議員侯漢廷表示，教育部長潘文忠過去曾赴上海、南京，包含上海市教育委員會教學研究室、江蘇省教育科學研究院、南京市小學教師培訓中心等地，如果依現在的檢視標準，應該先把潘文忠抓起來。
侯漢廷在臉書表示，台灣清華校友、北京清華大學與廈門市府組成「清華海峽研究院」，2016年在台灣清大租借辦公室。現在已經過了5年才發現？真危害所謂國安還能拖到現在？如今教育部還要全面盤點各大專校院，此舉也讓學界認為政府侵害學術自由。
侯漢廷表示，據目前消息，研究院充其量是協助台灣學生在中國找工作，這算什麼滲透？民進黨如果連這也要禁，要不要乾脆限制台灣人到中國工作？要不要把民進黨金主台商全部抓回來？
侯漢廷：法律只禁「政治行為」，民進黨現在卻是「什麼都禁」
侯漢廷進一步提到，民進黨已經無限制擴大法條解讀，兩岸人民關係條例禁止的是「影響國家安全或利益之機關（構）、團體為任何形式之合作行為」、「涉及政治性內容之合作行為」。但潘文忠卻說，只要中國黨政軍相關單位合作本身就是觸法，這不是一般學術交流，學校常常會用學術交流，可是不管交流的對象是誰。
侯漢廷認為，法律只禁「政治行為」，而民進黨現在卻是「什麼都禁」，是違法擴權、百分百的羅織，如果依照民進黨現在的標準表，那麼教育部應該先把自己抓起來，自2016年蔡政府上台到2020年年初，民進黨教育部赴中國考察交流參訪，有交公務報告的共計44次，扣掉農曆春節，幾乎每個月都出訪一次中國。
侯漢廷更指出，潘文忠在2012年6月6日至6月10日，赴上海、南京，包含上海市教育委員會教學研究室、江蘇省教育科學研究院、南京市小學教師培訓中心等地。請問，潘文忠與現今教育部出訪中國考察，「有沒有用台胞證？有沒有跟中國黨政軍人士碰面？有沒有受中國黨政軍接待？當然有！」
侯漢廷提到，潘文忠與中國黨政人士南京市教育局副局長陳舒泛相談甚歡、親切合影，依照潘文忠現在所立的標準，「只要是中國黨政軍相關單位的合作，本身就是觸法，並不適用一般的學術交流。」潘文忠應該先行自首，把自己抓起來。
