有網友在網路論壇PTT發文指出，涉嫌毆打立委高嘉瑜的林秉樞的維基百科資料，曾被1個IP登錄在國發會的用戶更改，該用戶將「曾與林秉樞合照或互動的名人」新增了台北市長柯文哲、副總統賴清德以及「館長」陳之漢的資料。對此，國發會發出聲明回應，該IP並非國發會使用，屬交通部公路總局對外上網線路使用。
對於有疑似匿名用戶透過政府IP（117.56.178.41）修改維基百科一事，國發會5日發出聲明表示，國發會為政府網際服務網維運機關，故多數中央機關IP均以國發會名義登錄，117.56.178.41並非國發會使用之IP。
國發會表示，該IP屬交通部公路總局對外上網線路使用，經公路總局查證後回覆，12月2日當日117.56.178.41線路並無連結至維基百科IP（103.102.166.224）的紀錄。詳細IP連結情況，將由IP使用單位交通部公路總局持續了解釐清。
