公投不同意票皆高過同意票，雖未通過門檻，但民進黨政府等於贏了公投。總統蔡英文18日發表談話，感謝所有參與的台灣人民，無論投的是同意或者是不同意，都是公民意志的展現。
蔡英文表示，公投沒有誰輸誰贏的問題，只有國家未來要怎麼走的問題。這次公投過程傳達出4個明確的訊息：第1，台灣人民希望走向世界，願意積極參與國際；第2，台灣人民支持能源轉型，期待穩定供電，並且維持經濟成長的動能；第3，台灣人民重視生態環保，希望經濟和環保能夠達成雙贏；第4，台灣人民期待公共政策能夠資訊透明，被理性地討論。
蔡英文：民主本來就可以對政府有不同想法
蔡英文指出，看到這次公投中，傳達出一些對政府施政的不同意見，民主本來就可以對政府施政有不同想法，政策的規劃應該聽取不同的意見。
蔡英文表示，穩健執政是一貫的原則，各種想法都會適當地納入政策評估跟規劃中。藻礁保育、食安把關絕對不會打折扣。
蔡英文特別感謝許多公民團體，儘管一開始大家有許多不同意見，但終究透過溝通討論找到共識，找到對國家發展最好的方案，一起證明了民主是奠基在成熟公民社會之上。
蔡英文表示，這次公投再一次見證，透過民主機制，不同意見可以互相溝通、說服，人民的意志也可以凝聚出價值的選擇，相信每次台灣面臨挑戰的時候，民主都會是最堅強的後盾。眼前還有很多挑戰，執政團隊會繼續回報台灣人民的期待，會繼續全力以赴，讓台灣一天比一天更好。
