蔣經國的功勞不如想像中巨大，過錯卻隨著檔案更加浮現。台灣教授協會理事周以正指出，白色恐怖源頭之一就在蔣經國主張的「集中權力」，蔣經國還任職國防部政治組時便主張「以黨領軍」，1951年開始的「檢肅匪諜運動」更不只發生在部隊也在民間，當時目標包括鼓勵檢舉、策動自首、擴大宣傳、戶口清查、處決人犯等。
「他的『檢肅匪諜』是很殘忍的，鼓勵大家去檢舉有獎金，你看到旁邊人講什麼就可以把他報出去，他就用情治人員蒐集資料把你抓去、不管有罪無罪，抓去放出來你就『乖』了……」周以正說，就連通風極差、充滿跳蚤與老鼠、讓多名政治犯證言苦不堪言的監獄，蔣經國在寫給蔣介石的視察報告也可以說得好像個模範監獄。
這「整肅匪諜」的苦難不只發生在1951年，直到1980年初「美麗島事件」才有轉機。周以正表示，「1980年代民主運動慢慢起來，這是蔣經國與特務想不到的……我希望檔案要完全公開，這樣更可以對一個人歷史定位探討，而不是隨便說說誰『反共保台』。」
被以「反共保台」之名犧牲的台灣人之一是政治受難者蔡焜霖，蔡焜霖說，他才高中畢業就被人抓去、20歲被送去昔稱「火燒島」的綠島監獄，直到10年後才被放回台灣。然而，出獄不是一切的終結：「白色恐怖並不因為你坐10年牢就結束，出來以後你已經被貼個標籤、說你是『政治犯』，無論要求學讀書、要找頭路，都是處處碰壁、都有困難，經過一輩子……」甚至，蔡焜霖的白色恐怖經驗延續到1976年，當時發生「陳明忠案」，一群過去關一起、讀了日本書與馬克思主義的政治犯又差點被牽連出事，蔡焜霖大嘆，幸好後來沒出事。
鐵工僅因接了鐵管訂單沒報備 就被抓去關兩個多禮拜
蔣經國主導情治系統之影響，曾經歷1970年代之長老教會研發中心主任黃哲彥分享當年各種經歷，其中之一就是被警察帶走的鐵工──那時台南教會有教友被抓去警局關兩周、牧師把他保出來，保人時牧師也問為什麼會被抓，原來竟只是因為鐵工接了人的鐵管訂單沒報備：「他工作忙忘記跟警局報告是誰訂的，他就被人抓去關兩個多禮拜……他說，所有做鐵工的如果有人去訂鐵管，他都有義務去警局報告誰訂、有幾支，警察就會去調查鐵管是否用途屬實。」
後來長老教會出刊關於二二八事件內容被沒收，黃哲彥也不意外，「我們都知道會內有抓耙仔。」後來長老教會要辦活動還不得不請蔣宋美齡幫忙，否則無法做事。1970年會有中央派人盯看，1978年會內50個有投票權的長老還被當局關切、請長老們對支持二二八平反的高俊明牧師續任總幹事投反對票，這些事情黃哲彥仍歷歷在目。
