前總統府副秘書長羅智強爆料準教育部長吳茂昆曾任中國「西部超導材料科技有限公司」技術顧問，羅智強今（18）日晚間再於臉書爆料，吳茂昆從2004年到2010年，長達6年的時間，都被列為西部超導的技術顧問。吳茂昆晚間發說明澄清，他於2000年曾提供台灣「超導國際科技股份有限公司（AST）」幾次非正式的諮詢，被列顧問原因主要是中國、台灣公司交叉持股問題，中國沿用台灣公司諮詢過的名單。
美國居留權 吳茂昆已放棄
吳茂昆晚間提出說明，2002年接任國科會副主任委員後，已經主動放棄居留權，從此之後，亦未申請過美國籍。維基百科之前誤植他有美國籍，因為他從未使用該網站，經由友人及媒體詢問，已於2018年4月18日請秘書修正。
對於擔任東華大學校長期間爭議，吳茂昆說，於民國101年到104年擔任東華大學校長，4年間不論國內、國外的因公出差請假都依教育部規定上網登錄，此部分在之前監察院的調查中亦已說明清楚。所謂溢領學術研究費，此事已經監察院調查，是因學校作業程序上的疏忽，非他個人行為，且相關費用已繳回；指控他和建商炒地皮，但該地點選擇及建商徵選，都是在前一任校長任內完成的。至於說他控制校內人事權，但大學教師之升等是經過系、院教評會通過後，再經由教育部聘任。對於他在東華大學校長任內的這些指控都經過相關主管機關正式的調查過，希望外界不要再繼續舊事重提。
吳茂昆強調「從未接受中國國科院的任何職務」
羅智強指控擔任中國國科院顧問的爭議，吳茂昆說，與中國國家科學研究院（中國國科院）的學術交流，單純就是基於臺灣中研院物理所和中國國科院間的學術行為及提供我本人在專業上的諮詢。他從未接受中國國科院的任何職務。
對於關鍵的擔任西部超導公司顧問，吳茂昆指出，對於有人指稱他擔任具中國具軍方研究單位之「西部超導材料科技有限公司」（WST）顧問，他第一時間已經清楚說明「絕無此事」。他再次強調，該公司從2002年成立至今，他從頭到尾沒有接受過這間公司的任何職務邀請。
談到被列為顧問的原因，吳茂昆說，中國「西部超導材料科技有限公司」（WST）在2010年3月公開募資說明書中，將他列為技術顧問一職，經了解，WST曾經和在台灣於2000年成立的「超導國際科技股份有限公司」（AST），彼此於2003年交叉持股。在2000年時，他是有過幾次提供台灣超導國際，非正式的諮詢，但，孰料，當兩家公司交叉持股後，中國的西部超導公司卻是直接將台灣超導國際公司所諮詢過的學術界專業人員都列為其公司名下成員。經他洽詢時任台灣超導國際公司總經理的陳輝堂先生，才了解即使台灣超導國際公司已經於2012年結束業務，但中國西部超導公司一直沿用台灣超導國際公司之文件迄今。陳輝堂向他說明後時，表示對他造成的困擾表示抱歉。
