針對國務機要費案，前總統陳水扁今（7）日上午舉行國際記者會力求翻案，並披露不少對日外交祕辛。根據扁提供資料透露，2003年，世界貿易組織（WTO）在日本東京召開農業部長會議，因當時日本政府因中國施壓打算拒絕台灣參加，扁特請國民黨前副主席詹啟賢胞弟、時任外貿協會董事詹啟榮赴日會見當時日本首相小泉純一郎等政要，最終台灣得以由農委會主委李金龍帶團參加世界農業部長會議。當時；扁也請其襄助後續對日工作，因對日工作因金額龐大，經詹請求給予補助，他給了詹1000萬。
資料提到，同年間，陳水扁出訪中美洲友邦巴拿馬，回程希望能過境日本停留，並由日本大學授予名譽博士。詹啟榮即與時任總統府秘書長邱義仁、副秘書長馬永成等人前往日本拜會自民黨副總裁兼幹事長山崎拓，以爭取安排扁以總統身分過境訪問日本，但因中國方面得知消息加以阻撓而未能成功。
另外，台灣漁船大型鮪魚捕獲量，因超過大西洋鮪類保育委員會（The International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas, ICCAT）之配額規定，致我國在 該組織「合作觀察員」的資格有遭停止之虞，外交部及農委會交涉無果，扁遂透過許志仁再請託詹啟榮設法解決。
漁獲、水果屢傳國際困境 詹啟榮居中赴日協調
為此，詹啟榮隨即前往日本拜訪日本農林水產省副大臣宮腰光寬請求協助，經寬交涉後，始得暫緩1年處理會籍問題。處理期間將屆時，詹啟榮邀請宮腰光寬私下於2006年8月15日至17日來台拜訪，最台灣得以保持在大西洋鮪類保育委員會之「合作觀察員」資格。
資料中還提到，台灣水果因出口日本遭嚴格檢疫，詹啟榮赴日交涉後，採行由日本直接派檢疫官至台灣工廠做完檢疫後出口之方式，解決我農產品遭嚴格檢疫之問題。而世界農產博覽會於2006年在日本東京舉行，詹啟榮赴日本會見相關人員，為台灣爭取超過50個攤位參加展覽。
資料顯示，詹啟榮從事上開對日外交工作所需費用，多係其本人支應或其日本友人先行墊款，因金額龐大遂請求給予補助。陳水扁交付馬永成新台幣（下同）1000萬元，由馬永成委託總統府辦公室秘書陳心怡至中華民國外貿協會將1000萬元現金交付詹啟榮收受，作為推動上開對日本相關外交工作之經費。
扁任內欲恢復台美日三方對話機制 彭榮次扮演關鍵角色
資料也提到，前總統李登輝時代（1995年至2000年間），為推動台灣與美國、日本三方定期就相關之安全、外交、兩岸暨國際情勢等進行意見交換及合作事宜，指定彭榮次（曾任亞東關係協會會長，1992年更名為台北駐日經濟文化代表處）負責執行上開非正式外交事務之聯繫工作，所需相關經費由國安局支付，每年約新台幣270萬。
2000年扁上任後，彭榮次建議延續上開台、美、日三方合作機制之運作，並邀請美、日重要人士來台，向其等表明台灣延續上開機制之意願。陳水扁乃交由當時的國安會議團隊接手處理相關具體聯繫事宜，惟日本方面以無彭榮次在新團隊內為由，中斷參與上開機制。
資料中說，2000年，扁欲恢復台、美、日三方對話機制，但美方表明須日本參與始願繼續上開機制，而日本方面仍表示須有彭榮次加入台灣工作團隊才願繼續參與。於是，馬永成（時任總統府副秘書長）乃偕同彭榮次前往日本拜訪當時日本重要政治人物椎名素夫參議員，並獲得椎名素夫參議員應允繼續主持台、 美、日三方對話機制。
事後，扁於2003年5、6 月間指示馬永成在總統府辦公室內交付彭榮次新台幣200萬元現金作為此次執行祕密外交工作之相關費用。同年8月19日，日本參議員椎名素夫夫婦前來我國訪問，扁也在總統府內頒授「紫色大綬景星勳章」予椎名素夫。
