1948年6月，為了反對政府提出的大學理事法案、國立大學學費提高三倍等法案，學生們在日比穀野外音樂堂召開「教育復興學生奮起大會」，並到文部省前遊行示威。在此機會下，「全國國公立大學高等自治會聯盟」誕生，並決議所有學校同時罷課。從6月23日開始，共有114所校、二十萬學生加入此活動。號稱戰後學運史上最大規模的罷課活動就此展開。9月成立「全學連」，共有國共公私立大學145校參加。本部設立在東京大學（以下簡稱：東大）內。提出的口號有：（1）反對法西斯式、殖民地式的教育體制。（2）反對學生打工低薪以及不準參加罷工的規定。（3）學生有從事政治活動的完全自由等。當時日本知識人與學生多對日共抱有好感，因為二戰前開始，日共就與天皇制的軍事政權的排外主義與帝國主義「勇敢對決」，日共領導人出獄後成為英雄，因此「全學連」受日共的領導，但是逐漸地學生運動就和日共分道揚鑣。五十年代起，「全學連」就分裂為代代木系（日共系），反代代木系。和人們想像的相反，到了六十年代的學生運動頂峰，學運和日共幾乎沒有了關係。全學連至今存在，分為中核、革馬、革勞協（解放派）、日共民青係等，都打全學連旗號。
六十年代全學連脫離日共領導原因很多。首先是日共在戰後的方針變幻無常，一開始是認為學生屬於小資產階級，而革命的基本力量是工農大眾，對學生運動失去了戰前的熱情。加上朝鮮戰爭開始以後日本國內政治的日趨保守，日共領導人又流亡中國造成領導權丟失。還有就是日共在1951年將其議會鬥爭路線改成武裝鬥爭，而在1955年又宣佈放棄武裝鬥爭。如此左右變卦，造成學生們失望，加上此時蘇共開始的反史達林運動，匈牙利事件，使共產主義運動的陰暗面公佈於眾，日共名聲大跌，所以學生幹脆另立山頭，自己摸索道路。從此日本就有了所謂「舊左翼」和「新左翼」的說法，日共與其控制下的組織被稱為「舊左翼」，而反日共的形形色色的左翼組織側被統稱為「新左翼」，意在區別於傳統的共產主義與社會主義運動。
反史達林運動的結果使史達林的政敵的托洛茨基理論再次受到了人們的重視。史達林被拉下了聖壇，也就意味著托洛茨基不再是「反革命」的代名詞，而是一種可以討論的思想。於是托洛茨基主義在學生中成為熱門話題。五十年代結束後，新左翼組織是一個自稱馬克思原教旨主義，其實更大程度上是託派組織的「共產主義同盟」的「BUND」（德語，同盟）與日共對立。
