以中研院院士對院士、知名學者對知名學者，還有雷同的學倫、兼職、獨董等利益衝突，所有打在管中閔身上的泥巴、非議，才上任一周的新教育部長吳茂昆，一個也沒少過，這就是賴內閣處理「卡管」案的方式了。
吳茂昆在行政院長賴清德力挺下，「我自一口真氣足」，不負使命一周內火速決策，駁回台大遴選委員會選出管中閔為台大校長的聘任，要求遴選委員會重啟遴選。在卡管一一六天後，蔡政府終於成功「拔管」，也在學界與政界引發後續效應。
打從前教育部長潘文忠一紙請辭聲明：「希望所有的政治操作能就此停止」，潘文忠的欲言又止，透露出管案背後的政治劇碼。
最不怕爭議的賴清德
隱身幕後的賴清德，在潘下台後，仍以教育部為防火牆，不輕易出手，即使吳茂昆上任一周爭議滿台，他都寧可沉靜以對。
政院資深官員認為，賴清德是最不怕爭議的（如過去抵死不進台南市議會），他怕的是，全國最高學府領導者是否會重回國民黨手中。
賴的想法卻與前行政院長張善政恰恰相反。張善政說，一九八一年他從美返台在台大任教，就因為國民黨不尊重自己選派的校長，大學自治不被重視，才會加入「台大教授聯誼會」，張要的是大學自治，但賴想要的是「不給國民黨就對了」。
對此，行政院秘書長卓榮泰不願評論。他表示，賴院長處理台大校長遴選案，並無主觀立場，一直都尊重教育部及教育部跨部會諮詢小組的決定。
「卡管案」的本質還是政治
至於未來台大遴選委員會重啟遴選，管能否再選？卓榮泰說，這由遴選委員會開會決定。但如果依教育部給台大遴選會的文件「附件二」，已很明確，管不能再選。最後結果還要看四月三十日教育部給台大遴選委員會的正式公文而定。
管在熬過近四個月的「蟄伏歲月」，終在「拔管」後公開露面談下一局。他說，台大必須先同意重啟遴選，才能談到他的下一步。但台大一旦重啟遴選，就表示台大已接受教育部的裁判，「如果是你，你要不要選？」管中閔已決定走法律途逕捍衛自己權益。
姑不論下一局要如何走，回到「卡管案」問題的本質──政治，賴清德仍在打代理人的戰爭，以吳茂昆爭議vs.管中閔爭議，誰能勝出，教育部四個月調查找不到管有何大錯，但吳真能站得住腳嗎？
吳茂昆接教長，人事發布的第一天，爭議竟如泥巴黏貼一身，從過去監察院調查過的溢領獎助金，到開生技公司、與東華大學的專利權爭議，再到兼職行為等等，問題一蘿筐，新案加舊案，監委高鳳仙也已提出自動調查。
高鳳仙曾在一年前接受檢舉，指吳在東華校長四年任內，請假就請了一半，請假期間有無領取公費與出差費，調查案已至收尾階段，五月即可提出調查報告。
高鳳仙七問吳茂昆，綬草萃取物的發明人是誰？專利權歸何人所有？吳有無違法經營商業？有無兼薪與兼領公費？有無違反利益衝突迴避法規定？有無違法移轉專利或損害東吳大學的專利權？高鳳仙說，在這些範圍內，她有查明的必要。卓榮泰則認為，外界的質疑，行政院都做過進一步瞭解，吳也有提出說明，行政院選擇相信吳。
另有一件謎團待吳茂昆解開──吳有無雙重國籍或永久居留權（綠卡）？根據新北市議員陳儀君所提維基百科一項截圖，顯示吳茂昆有美國護照。
