儘管根據魯斯克的描述，甘迺迪有關兩個中國的想法，僅僅只是短暫的，但是因為當時美國考慮給台獨份子廖文毅入境簽證，又準備與外蒙古發展外交關係，都引起國府強烈的猜疑。尤其國府與共和黨艾森豪政府穩定接觸了八年，現在又換回到過去對國府非常不友善的民主黨政府，國府上下都對美國新政府有些摸不透關係。
當時為了加強對美工作與聯合國會籍問題，外交部長沈昌煥、駐美大使葉公超、駐聯合國大使蔣廷黻在美國積極與國務院交涉，但是台北的蔣中正卻運用美國中情局台北站長萊恩直接向白宮傳話，在關鍵時刻發揮了大作用。
台北避過了兩個中國，可是如果杯葛外蒙案，引發蘇聯杯葛茅利塔尼亞，就會失去非洲國家支持，一旦國府的會籍案遭到挑戰，表決的支持票數就可能受到很大影響，環環相扣，每一步都有外交影響，當時國府已經抱定寧為玉碎，不為瓦全的態度，立法院甚至決議反對外蒙入聯，美國顧慮國府在聯合國地位，由甘迺迪總統親自寫信給蔣中正，傳達美方訊息，希望化解國府的態度，找到轉圜空間。
根據國務院公開檔案，1961年4月5日，國務院給美國大使館的電報提到，葉公超拜會魯斯克，葉公超請魯斯克代轉蔣中正給甘迺迪的信函，信函中表達國府反對在聯合國推動兩個中國的立場，因為漢賊不兩立。甘迺迪也在17日回覆蔣中正，雙方的問題不在於共同的目標，而是如何選擇達到目標的策略（此處所指應是維護中華民國的聯合國會籍）。5月2日，國安會幕僚柯莫（Robert Komer）提交一份備忘錄給國安顧問彭岱，柯莫認為國府有信心危機，美國應該馬上採取行動，安撫國府，也許雙方還是要信件往來，如果副總統詹森利用到東南亞訪問時，順道到台北，也許更好。
5月14日詹森訪問台北，但是中美雙方溝通效果顯然不如預期，國府仍然懷疑美國不放棄兩個中國，6月21日，美國駐華大使莊來德給國務院的電報研判，蔣中正會離開聯合國，也不願被迫接受兩個中國的安排。果不其然，根據陳誠1961年6月27日日記，蔣中正邀集國府官員開會，對於美國推動兩個中國與外蒙建交問題，極為憤慨，決定退出聯合國，以示決心。
詹森離開台北後，蔣中正在6月9日致函詹森，蔣中正在信中強烈反對美國有意與外蒙建交，美國是朝向兩個中國邁進。中美雙方歧見仍深，甘迺迪決定直接回信給蔣中正，根據國務院檔案，甘迺迪在7月14日去函蔣中正，甘迺迪認為如果他們兩人能夠見面，是最有效的溝通方式，但他們兩人都走不開，甘迺迪敦促蔣中正指派一位完全受到蔣中正信任，能夠代表蔣中正與國府的人到華府，與他以及其他美國官員溝通聯合國的策略，甘迺迪點名蔣經國，希望他能夠來美溝通。不過，也許是基於雙方對等，蔣中正指派陳誠訪美。
