南海問題：馬哈地強調平衡外交，納吉過度倒向中國
雖然馬來西亞也是南海島嶼和海域的聲索國，但是，多年來，馬國一直秉持低調、務實、不直接衝突的實用主義原則。馬哈地此前執政時，曾表示反對南海問題國際化，竭力避免軍事衝突。馬來西亞在這樣的原則指導下，一方面在相關海域開採石油，另一方面與美國保持軍事合作。
有中國的分析人士認為，馬哈地在競選期間聲稱將重啟南海問題的談判，並非要與中國對抗，而更多的是由於不滿納吉過度倒向中國，而使南海問題的政治天平失衡。馬哈地曾在東南亞各國領導人中以「批評西方」而著稱，在亞洲金融危機期間，他也曾譴責西方資本大鱷奪取馬來西亞人民的血汗錢，並拒絕接受國際貨幣組織的的貸款，不想因此而被西方操控。他至多是一位「馬來人至上主義者」，與其說他反華，不如說他希望馬來西亞實施平衡的外交，以求得本國利益的最大化。
安華：西方普世價值可以和穆斯林民主精神結合
不過，將來可能繼任馬哈地的安華卻是一個公認的「親美反中派」，他曾經在世界民主運動大會上發表過「普世價值與穆斯林民主」的演說，頌揚印尼和土耳其的穆斯林民主模式，認為西方的普世價值在一定程度上可以和穆斯林的民主精神相結合。
安華曾於2005年9月出席了台北亞洲民主化論壇，該論壇的宣言中，強調關注中國人權狀況和民主化進程，對西藏和東突厥斯坦（新疆）的惡劣政治環境表示警惕。2007年9月，安華還參加了在馬尼拉舉行的第二次亞洲民主化論壇，論壇的決議指出，鑑於中國的人權情況沒有得到改善，因而「中國不具備主辦奧運會的資格」。
分析人士認為，馬哈地重新執政後，不會改變馬來西亞尋求平衡外交的指導方針。但是，如果馬哈地真的能在兩年內將政權平穩交付給安華，那麼，馬來西亞與中國的關係以及南海的爭議問題可能將迎來一個新的時期。
