在指引問題上，立委萬美玲稱，像口服藥物領用方案，從今年1月26日訂定之後，4月22日、5月3日、5月10日、5月12日、5月27日，共經過5次修訂；5月改過4次，還有改完後2天後又再做更改。萬質疑，指揮中心到底為何一改再改？莫非是藥物不夠必須節約用藥、吝嗇給藥？指揮中心應該講清楚。
萬美玲指出，4月4日指揮中心宣布新冠口服用3200份到貨，5月16日陸續進口了6萬5000份，截至目前為止，中央疫情指揮中心號稱訂購了100萬份新冠口服用藥，但是國人根本不知道100萬份口服用藥在哪裡、如何領用？現階段給藥率非常低，給藥率跟確診率根本不成比例，5月16日才買了6萬5000份，現在陸續訂購100萬份，在疫情大爆發之後才把藥買足，超前部署變成口號。
萬美玲表示，6月6日統計數字來看，當天確診人數5萬3023人，給藥率26.4%。6月12日確診人數50657人，給藥率竟然下降到6.1%，指揮中心無法給社會大眾交代，確診數都差不多，給藥率高低落差這麼大，是給藥指引過於模糊，讓第一線醫生無法給藥，還是備藥量根本就不足？
立委李德維表示，5月29日指揮中心記者會，陳時中說備藥量可供685萬人用，為何現在藥給得這麼慢又給這麼少？公費用藥領用方案總共修訂5次，朝令夕改讓第一線醫生無所適從。
立委鄭正鈐表示，面對BA.4、BA.5已經來到國門邊境，防疫指引目前對重複感染沒有任何指引，5月19日中央疫情指揮中心宣布「確診者康復3個月內匡列免隔離」，若又確診，不會收到任何確診隔離通知，防疫指引根本完全落後，必須檢討是否合適，尤其是在BA.4、BA.5變異株高傳播率情況下。
鄭正鈐說，開一次抗病毒藥物花費2萬多元，基層醫生開藥心理會有陰影，快篩雖經醫生判定視為確診，但若指揮中心認為不符合資格，可能最後要由醫生埋單，讓基層醫生不敢貿然開藥，這問題不解決，給藥速度一定慢。鄭表示，口服藥第1天和第5天給藥效果不同，要讓流程優化，更快速拿到藥，指揮中心要更優化防疫指引。
