法務部推薦司法官學院長林輝煌主任大法官，由於林輝煌曾是美麗島事件的軍事檢察官，此舉引發各界抨擊，高雄市長陳菊批「這是對台灣民主轉型的重大傷害」。前副總統呂秀蓮也說，若總統馬英九執意要提名林輝煌，她會集結過去的被迫害者們找馬算帳。
法務部推薦政務次長吳陳鐶、司法官學院長林輝煌2人出任大法官，法務部長羅瑩雪雖表示「美麗島事件是很久以前的事了，她看中的是林輝煌後來的表現」，但仍受到許多輿論質疑。
陳菊說，林輝煌在美麗島事件時以軍法審判受刑人、打壓台灣民主發展，如果提名林輝煌，台灣的轉型正義將蕩然無存，她認為台灣社會無法接受。陳菊以美麗島事件受害人的立場質疑，在政府尚未還美麗島受害人一個公道時，讓林輝煌擔任大法官，是對台灣民主轉型的重大傷害。
前副總統呂秀蓮表示，林輝煌在美麗島事件期間是代表國民黨罪惡集團論罪民主運動者，若馬總統執意要提名林輝煌當大法官，她會集結曾被林輝煌迫害者找馬英九算帳。
曾為美麗島事件辯護律師團成員的謝長廷今天在臉書表示，以「轉型正義」的角度來看，當年以叛亂罪起訴被告的林輝煌，為何可以擔任大法官？林輝煌要誠實說明當年在加害體制的這段歷史，對台灣的「轉型正義」才有正面意義。
同為美麗島事件的辯護團律師成員，蘇貞昌今也在臉書發表看法，他認為提名當年美麗島大審軍事檢察官林輝煌擔任大法官，非常不當，政府若執意如此，不但是對台灣民主的重大傷害，也是對轉型正義的最大諷刺。
