翻船事故沒有造成人員傷亡，但「由於事發地點水深超過1000公尺，擬進行打撈工程亦非常困難」。
船東聲明說：「根據規定要求，珍寶海鮮舫在離港前，已聘請專業海事工程人員詳細檢查船身和加上圍板，並得到一切所需批文進行本次航行。」
BBC中文記者曾兩度電郵香港仔飲食集團的公關代表，包括事發地點坐標與拖船公司名稱，對方承諾將予答覆，但直到發稿前，BBC中文並未接獲任何回應。
在香港媒體喧鬧一天後，香港特區海事處6月21日晚發表聲明，首次證實香港仔飲食集團於13日申請讓珍寶海鮮舫於翌日出港，從香港水域拖往柬埔寨。又稱船東並未向政府報告沉船，海事處也是從媒體報導得知事件，繼而要求船東提交書面報告，並將立案調查。
海事處稱：「船東已聘請驗船機構進行相關檢驗，確保珍寶適宜由香港被拖往有關目的地。海事處經審閲相關資料後發出出港證，允許珍寶在6月14日從香港仔南避風塘的停泊位置被拖離香港水域。」
海事處證實，珍寶海鮮舫出港時，當局有派船監察，「其間並沒發現異常情況」。
海事處又稱：「一般而言，被拖航的船隻不會安排人員在船上，而拖船會監察被拖船隻的情況，在有需要時作出適當處理。至於採用什麼拖航方法，由船東決定。至於船隻的打撈事宜，一般是由船東處理。 」
李健光向BBC中文評論說，他認為海事處的說法合理：「我覺得他們能做的都做了。」
香港媒體很快便找到當時負責將畫舫拖離避風塘的拖船公司潤利海事集團。據《明報》報導，潤利集團主席兼執行董事溫子傑稱，他們的兩艘拖輪僅負責香港水域拖航航程，6月14日黃昏抵達南丫島東北面、近鹿洲附近水域後，交由另一遠洋拖輪公司接手。
溫子傑又對《晴報》稱，他們在拖離前已目測檢查畫舫，未發現破損及入水傾側，與遠洋拖輪公司交接時並無異常，又稱其集團與香港仔飲食集團合作逾20年，每兩年將海鮮舫拖離檢驗，最近一次在兩年前，當時「一切正常」。
溫子傑身兼香港港九電船拖輪商會理事長。BBC中文記者曾透過商會試圖聯繫他，但至發稿時未獲回應。
中國與南海周邊國家之間的主權爭議迄今仍未解決，其中越南便對西沙群島宣稱擁有主權，稱為黃沙群島。北京不予承認，並於2012年7月成立海南省三沙市管理。珍寶海鮮舫沉沒一事受到中國大陸媒體廣泛報導，但直到目前為止，海南省或三沙市海事部門並未對此發表任何評論。
李健光指出：「要是事發地點屬於公海，那理論上不會有其他人（政府機關）要求他（船東）提交報告。始終這艘躉船是由香港海事處審批它出去的，所以出去了，發生了這樣的一個意外，香港海事處是有權要求船東或拖船公司提供報告。」
