新竹市長林智堅將代表民進黨參選桃園市長選舉，近日卻爆出碩論涉抄襲風波。對此，《美麗島電子報》董事長吳子嘉認為，林智堅要去桃園選市長，論資排輩應由前新竹市議員鄭宏輝選竹市，然而林智堅卻力推副市長沈慧虹參選，引起新竹綠營強烈不滿，因此透過藍營爆料攻擊，是「典型的窩裡反」。
吳子嘉接受港媒《中評社》訪問時，認為國民黨爆料攻擊林智堅，背後是新竹綠營的「圈內人」所為。他分析，攻擊林智堅不會改變他本人的桃園市長提名，卻有可能影響新竹市長選舉。
吳子嘉直言，林智堅要離開竹市參選桃園是長，論資歷而言，參選的機會應該要留給鄭宏輝，不料最後卻是提名沈慧虹。他指出，林智堅強推沈慧虹，引起新竹地方不滿，「知道底細這麼多的人，自己人可能性很大」。
吳子嘉提到，沈慧虹是外來的政治人物，還曾在前台北市長郝龍斌於北市執政時，被調任發言人室，和民進黨一點淵源都沒有，因此這次的論文門事件，很有可能是新竹地方人士在「大翻臉、算總帳」。
