正當外界對教育部的關注，還集中在「拔管」事件折損2名部長的同時，教育部呈報《教育部所屬機構作業基金設置條例》草案，今（31）日經行政院院會通過，國教院從2011年3月，整併國立編譯館等單位掛牌運作，其成立目的原本是為了執行1998年「教改行動方案」，馬政府時代為了讓國教院獨立運作，還準備推動「行政法人化」，如今民進黨執政，教育部卻準備將國教院與社教機構作業基金整併的規劃，國教院在政府體系內的擺盪，如同教改一樣曲折離奇。
國家教育研究院的芻議，早在中研院前院長李遠哲推動教改過程即已種下，1996年12月「中華民國教育改革總諮議報告書」，即建議成立國家級教育研究院，立法院審查1998年度中央政府總預算，附帶決議教育部整合有關單位成立「國家級教育研究院」，1999年修正公布的《國民教育法》，並且賦予國教院訂定國小及國中課綱的任務。
國教院轉型提案在立院反對下鎩羽而歸
2010年《國家教育研究院組織法》三讀通過，教育部規劃國教院整併國立編譯館、國立教育資料館與國民教師研習會，期許國教院達成三大願景，包括教育政策智庫、課程測評研發基地與領導人才培育等。然而，國教院整併上述單位後，仍負擔著教育人員之培訓及研習、學術名詞及工具用書編譯、教師檢定等既有業務，打著研究院之名，卻未發揮智庫功能。
根據《通識在線》雜誌2013年對國教院的評論，「國教院在設計上最大的問題在於隸屬教育部，是教育部的下屬單位。經費預算主要也來自教育部。如此設計，輕則讓國教院成為教育部的研究單位，重則讓國教院成為教育部的傳聲筒或應聲蟲，完全失去一個研究單位的獨立性及主體性。」
為了讓國教院能夠走向獨立運作，馬政府時代曾經規劃國教院轉型「行政法人」，當時評估可以「行政法人化」的機構，還包括體育署國訓中心、國立台灣交響樂團、國立台灣文學館，但最後只有國訓中心成功轉型，國教院轉型的提案在立法院反對下鎩羽而歸。
「國家級教育智庫機構」未來將與科博館等社教機構整併
民進黨重新執政後，國教院的轉型規劃再度急轉彎，根據行政院院會今（31）日通過《教育部所屬機構作業基金設置條例》，國教院未來將與「國立社教機構作業基金」下轄的社教機構，整併為新的作業基金「教育部所屬機構作業基金」，行政院長賴清德在院會中，也期許國家教育研究院，強化「教育智庫」功能。
根據《國立社教機構作業基金收支保管及運用辦法》，未來與國教院整併之社教機構，包括科博館、科工館等博物館機構，其人事行政的編制上，並沒有像兩廳院等行政法人一樣，有獨立的董事會，《教育部所屬機構作業基金設置條例》也不準備推動下轄基金的獨立運作。
台灣教改20年，最後失敗收場，當初「教改行動方案」所期許的國家級教育智庫機構，如今竟然將與科博館等社教機構整併，對照文化部長鄭麗君上台後，博物館業務與文創業務大幅擴張，同樣作為國家級文化智庫的「文化策進院」，即將以行政法人的姿態浮上檯面，國教院過去20年在台灣行政體系的奇幻漂流，和台灣的教改命運多舛，這樣的結果也頗讓人唏噓。
