針對國民黨台北市議員王鴻薇爆料指中華大學獨立審查委員會召集人、工管系主任馬恆請辭是因與董事長意見相左，而身兼民進黨發言人及新竹市議員的董事長李妍慧，正是挺前新竹市長林智堅的人。對此，李妍慧今（27）日批評，早已請辭董事長職務，國民黨胡亂爆料，根本就是用政治干預學術獨立審查精神。
李妍慧今強調，中華大學董事會21日召開論文事件後的第一次董事會，當天她就請辭董事長一職，同時退出董事職務，並在22日生效，之後學校相關的事務她都不了解。她並再次強調，董事會根本不會干預學校行政事務的運作。
李妍慧說，論文事件已變成政治操作，受傷的是學校，因身兼市議員及民進黨發言人等多種身分，基於保護學校，決定請辭董事長一職。她也說，根本不認識馬主任，亦不知道馬請辭，是看媒體報導才知道，對王鴻薇的言論深覺遺憾，政治人物不該胡亂爆料及造謠。
李妍慧指出，中華大學目前已進入論文學術審查程序，任何人都應給予學校及學術獨立審查的空間，不應再針對此事進行政治操作。她強調，沒看過林智堅的論文，更沒有學術地位敢去批評論文，她也呼籲王鴻薇若對學術地位或論文有興趣，歡迎她來報考及就讀中華大學。
