台大日前認定民進黨桃園市長參選人林智堅論文抄襲並撤回學位，蔡英文喊話支持林智堅，不過同黨議員王世堅表示，政黨不應把學術與政治扯在一起，因此被打成中共同路人，受到黨內同志砲轟。
對此，林耕仁聲援王世堅說，蔡英文總統號令全黨挺智堅，產生的問題變成是相信執政黨還是相信台大？至於不認同林智堅論文就是中共同路人，這就是一貫的抹黑、抹紅的作法，只是這次被抹的對象可能是大部分的民眾，為挺林智堅跟台大、民意對抗值得嗎？
同時，有民調指出62%的桃園市民認為林智堅要退選。林耕仁也回應，台大論文審查會已經根據學術標準和嚴謹比對，做出林智堅論文抄襲的認定，其實這已經對林智堅個人誠信做出否定，連帶使得曾經相信林智堅的新竹市民，感到受騙上當，無論情感上或理智上都無法接受。
最後林耕仁表示，新竹市民已經吃過一次大虧，而桃園作為六都之一對於未來首長的誠信一定有嚴格的要求，會以也會是高標準看待林智堅論文抄襲事件，相信桃園人應該不會再上當。
