漁電共生是總統蔡英文的重要政策，不過，也並非沒有爭議。有一熟知漁電共生政策人士指出，台南七股大約有1成都是光電案場預定地，甚至超出部分縣市的發電貢獻，但卻也引發犧牲水鳥棲地、漁民工作權、在地居民的生活空間；甚至太陽光電環境與社會檢核機制也並未完備，導致部分案場只有「電沒有漁」的怪現象，政府應該要再做思量。
今年6月1日，台南舉行漁電共生諮詢會，經濟部、能源局等均有參與。經濟部在7月30日發布新聞稿指出，行政院副院長沈榮津率領相關部會，至高雄舉行「漁電共生推動政策說明會」，由經濟部與高雄市政府共同辦理「馬上辦」程序精進方案，積極促進高雄的傳統漁業轉型，號召養殖業者共同加入「漁電共生」計畫，實現「漁幫電、電幫漁」的經濟效益。前述人士指出，相較政府大動作，其實民間、居民都有不少憂心。
蔡英文曾在去年2月到雲林縣視察時表示，深刻感受到地方對於綠電發展期待，漁電共生專案將因地制宜、多元發展，盼創綠能產業、養殖產業及在地環境生態三贏局面。不過，台灣環境規劃協會理事李翰林今年5月以投書表示，期待主管漁業、保育政策的農委會及漁業署和主管能源的經濟部，積極面對光電室內養殖場失序現象，共同出面邀集會議，跟NGO團體與其他利害關係人協商，借鏡先前戶外型漁電共生各界協力合作經驗，共同建構出問題解決方案，引領能源轉型走向正確方向。
有一熟知漁電共生的人士表示，現在是空間復合性的利用，同時養魚做光電的嘗試，包括在台南、雲林、嘉義都有，但屏東比較少，因為屏東有養殖龍膽石斑，是高經濟價值，目前在各地或多或許有爭議；嘉義比較順、台南七股爭議比較多、雲林還好，台南原本就有發展半導體、餐飲及傳統產業都很不錯，不難理解漁電共生在台南不易推動的原因。
「地方資訊不對等」 洪申翰：須成立明確窗口確保承租戶權利
長期關心綠電議題的民進黨立委洪申翰指出，對於地主、承租戶在案場設計的過程，會有權益、需求沒有被納入的感覺，有些當事人的年紀比較大，在簽約時往往是資訊不足，政府應該花更多的力氣、資源讓漁電共生被更多人了解，像是光電是什麼？要在資訊對等的情況下合議的進行。漁業署必須成立明確窗口，確保承租戶漁民的權利，改室內養殖的形式，以前是戶外的池，包括溫控、環控、水的循環利用，都要好好思考。
洪申翰也說，包括海岸管理或者是淹水風險的地方，對於災防、防救也會影響衝突，怎麼去管理農委會、漁業署都要做全盤性的思考，同時室內養殖的密度、區位，在環設檢核可能會成為新的破口， 室內養殖加上屋頂光電，能源開發商會成立的方法、現代化的做法，對漁村的樣態帶來改變、有衝擊，漁民在這些新、高資本的設備，會不會就被迫退場，政府應協助漁民可以繼續，操作比較高資本、高精密的設備，要去做配套。
