人類用水需求上升的同時，發展所走的路線確未必符合永續發展，加上「水管理」失當，讓水資源的「品質」和「可得性」問題惡化，聯合國在《2015世界水資源開發報告》中，也強調了水資源管理的重要性。那麼各國水資源管理，存在什麼問題？
跨部會協調、水平整合難
政府在管理水資源時存在兩大問題，其一是部門利益導向，其二為水平意見整合困難。
各部門分別處理自己的投資和業務，以部門績效為優先；若要進行跨部委整合，則容易出現分管權責模糊的「責任歸屬」問題。
此外，部門之間容易出現「互不了解」的情況。一個國家，很有可能同時出現同時發展水力、灌溉農業、能源、城市發展等各項專案，各部會之間互不流通的情況下，同時開展多項耗水專案，容易導致一時間供水不足，甚至彼此之間或與地方社區出現爭水現象。
「利益極大化」才是一切依歸
企業首要重視獲利極大化、加上成本效益分析，用水效能和節約通常被往後排；耗水量大的產業不論是自行抽水或使用一般供水系統，都會極力尋求低水價。而聯合國報告分析，即便是用水效能提升，也可能產生反作用：企業會將節省下的費用對生產進行再投資，到頭來，整個生產過程或許用水很有效率，但並無法減少實際用水量。
很難推動企業改善用水效能的另一個原因為回本期拖太長，若只是要進行短期生產投資，大張旗鼓優化設備更不符合企業的利益。此外，除非是限量分配或是特許，否則水資源取得的成本太低、甚至不用錢，無法刺激企業對優化用水效能。
長期來看，投資永續發展等科技的確能省下一筆錢；但若污染罰金比優化污水處理設施便宜，企業經理人最終還是會以成本效益考量。但就生態環境而言，要恢復一片被污染的土地，比保護它成本還要高的多，尤其水資源與土地的汙染，處理成本與時間比空氣污染還要更長、更艱難。
監測難 缺乏可靠數據
監測水資源的取得、使用、相關影響有著十足的挑戰。一般而言，想要找到水資源狀況、使用和管理的可靠和客觀數據，並非易事。從許多研究中或許可以整理出一時一地的資料，但想要拉長時間來觀察全球水資源狀況和變化，數據資料上仍不夠完善。如此，想要強而有力的推動相關政策，障礙重重。
以台灣為例，行政院環保署曾表示，「水質、水文監測作業乃由各機關依職掌辦理，囿於監測目的不同，監測數據缺乏一致性規劃或持續性維護，部分資料格式不相容、資料品管或精度不一致等，以致限制了資料的流通及應用」。
預算左支右絀所幸正在改善
水資源管理其實是人類生活和經濟中極為重要的一環，但比起教育和健康等施政目標，水資源還是會被排擠到後頭，當然，進而影響預算編列。
儘管許多開發中國家的水利設施是仰賴外國資助，大部分還是由國家自行編列預算。許多國家表示，財政計畫需要水利部門提供有關水資源用戶資料和潛在貢獻時，它們並無法提供充足、完整的資訊。
水利建設和維護所需的經費也常被忽略，導致許多水處理系統失修，長期下來壞損、不見、無法使用，影響供應的水量和水質。
水資源管理的部門經費短缺非一朝一夕，可喜的是它正在改善中。據聯合國2012年調查，人類發展指數低的國家中，有50%表示國家在提供水資源管理和開發方面的預算在過去20年內持續上升。
