回顧2000年3月中華民國第十任總統大選的結果，由民進黨籍的陳水扁先生當選，從根本上改變了兩岸關係的形勢，亦即臺海對峙少掉了國共鬥爭的性質，國共內戰的歷史觀受到挑戰，兩岸政策重新調整，從某個角度來講，提供臺灣一個思考的機會，也使兩岸關係從此邁入一個新的歷史階段。
2001 年的1月底，陳水扁先生提出「亞太和平新世紀、兩岸歡喜看未來」的七項主張，期待兩岸一起為和平的新世紀而努力，其中陳七項中的第三項，也涉及到小三通的構想。
回顧小三通的過程，2003年5月17日，由於SARS事件的爆發，小三通曾一度暫停，直至7月18日才恢復。2019新冠疫情發生後，小三通客船服務減到每天10班，日客流量下滑至400多人。2020年2月7日，陸委會宣布，經中央流行疫情指揮中心討論後，自2月10日起暫停小三通客船服務，為自2003年SARS疫情以來再次暫停。2021年3月17日，中華民國衛生福利部長陳時中強調，要等到台灣民眾施打疫苗達到六成覆蓋率再考慮恢復小三通。
但是小三通並非台灣單方意思表示，必須要有大陸當局雙方的意願，這絕對需要溝通對話，而且是在善意良性的環境中對話，如果蔡政府刻意凸顯兩岸政治主權差異，恐怕小三通仍遙遙無期。
無庸贅言，小三通確實可以帶動金門與馬祖與澎湖的航運、旅館、觀光、餐廳與商品消費產業蓬勃發展，增加就業市場蓬勃發展。當然小三通探討除了以經貿面為主外，尚涉及到兩岸政治情勢及國際關係中美關係的互動，舉凡政治、文化、軍事、社會等層面都必須兼顧考量，兩岸必須求同存異。
大陸方面要恢復小三通，涉及貨物與人員往來，必須符合安全原則。大陸當局通過的《外來入侵物種管理辦法》，大陸當局對於生物安全越來越重視，《中華人民共和國生物安全法》的規範，或許對小三通也是一項新的考驗。
總之，小三通的恢復需要兩岸雙向意願，必須在兩岸防疫無虞情況，在台灣方面與台灣同步開通，依循相關防疫指引，讓小三通常態復航，而時機選擇可以選擇在傳統節日復航，先行試辦由小三通船班互往不入境方式，並啟動人道、就醫、就學專案與兩岸航班會議，逐步開放與全面復航，有效解離島鄉親的基本需求。
小三通所具體討論的項目，包括：航運、客貨船、漁船、商品貿易、人員往來、金融往來、郵政往來、工商發展、農漁業發展以及所有入出境管理、關政、防疫、防檢疫、動植物防檢疫、商品檢驗等具體的相關業務，非常繁瑣複雜，需要中央與地方一起配合來落實。
至於大陸方面的考量也不能忽略，本著兩岸「雙向往來、互利互惠」的原則，小三通既可以是兩岸和平發展下的象徵，小三通復航也有助緩解兩岸緊張情勢，避免兩岸民意對撞與敵意螺旋提升，更解決離島當地民眾經濟和生活問題，期盼小三通早日復航，以確保兩岸和平發展。
＊作者為中國文化大學國發大陸所副教授
